162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0027 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0027  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  238  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.979721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0044  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 120 bp  236  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0049  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 115 bp  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.872613  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0055  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 115 bp  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0061  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 115 bp  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0044  5S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 115 bp  117  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0262  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  65.9  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1082  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 119 bp  65.9  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.769106  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0008  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0042  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0060  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0032  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  63.9  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0044  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 128 bp  63.9  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.817177  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0032  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884857  normal  0.731684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0047  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.352215 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0056  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0017  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0025  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.555911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0045  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.324988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0039  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0004  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0436241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0074  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0063  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0036  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 121 bp  60  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0083  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0070  5S ribosomal RNA  97.06 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r01  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 126 bp  58  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r04  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 126 bp  58  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.596836  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr01  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 119 bp  58  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0013  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.149045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0022  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0061  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0017  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 113 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S1  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 123 bp  58  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.25658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S2  5S ribosomal RNA  84.42 
 
 		 123 bp  58  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.147903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1017  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 123 bp  58  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1581  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 123 bp  58  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1789  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 123 bp  58  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.055936  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 113 bp  58  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0014  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0022  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0058  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0068  5S ribosomal RNA  96.97 
 
 		 114 bp  58  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna48  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0243319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna55  5S ribosomal RNA  92.45 
 
 		 115 bp  58  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0884571  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0012  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00125226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0006  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000380355  hitchhiker  0.00390757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0011  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.712208  hitchhiker  0.00122523 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  56  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0050  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  56  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  normal  0.069231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0029  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0039  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 114 bp  56  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0049  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.814167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0059  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.554269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0009  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0081  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.258574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0086  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000919882  normal  0.263092 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  88.46 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0008  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.488687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0013  23S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 117 bp  52  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.607574 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0012  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0013  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0014  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0017  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0018  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0019  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0022  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0024  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0025  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0027  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 109 bp  52  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4293  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4357  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_r01  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.545008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0061  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0067  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 118 bp  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0032  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0014  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.873356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0026  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  48.1  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0007  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.156774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0029  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0932548  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0009  5S ribosomal RNA  93.75 
 
 		 116 bp  48.1  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.858211  normal  0.324927 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>