298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0012 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0012  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00125226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000380355  hitchhiker  0.00390757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0081  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.258574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.712208  hitchhiker  0.00122523 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0086  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000919882  normal  0.263092 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna55  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 115 bp  192  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0884571  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna48  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 115 bp  192  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0243319  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0013  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 114 bp  141  3.9999999999999997e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.149045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 		 114 bp  141  3.9999999999999997e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 		 113 bp  137  7.000000000000001e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0010  5S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 115 bp  101  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0055  5S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 115 bp  101  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0020  5S ribosomal RNA  88.42 
 
 		 115 bp  101  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.8682  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  93.55 
 
 		 115 bp  91.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  90.14 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0152  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.266818 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0021  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.973202  normal  0.0141597 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0009  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0900632  hitchhiker  0.000000917011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0029  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0003  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3182r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.175468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0029  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0026  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0619749 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0006  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000035078 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0135  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0127  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0078  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 113 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0594811  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0012  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0090  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0035  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0004  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.13622  unclonable  0.0000114116 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0119  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0006  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0003  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0012  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017a  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0115  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R16  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.14569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R45  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.161753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R5  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378855  normal  0.842536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R56  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R6  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.305961  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R77  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R90  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000508356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0134  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0134181  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0127  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0069  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.733499  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0032  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000134368 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0024  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0014  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0140  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.626199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0003  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.685817  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0035  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0138  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0020  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0030  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000472199 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0138  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0042  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.190599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0028  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000458962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0013  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0012  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34851  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0070  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0038  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.988118  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0078  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0147  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3210r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 121 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3186r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.713865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3073r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000752328  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0013  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0102843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0016  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000743511 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  88.73 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0017  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0010  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0725871  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0019  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0404714  hitchhiker  0.0000248645 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0025  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0023  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0003  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 115 bp  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000245604 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0017  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0111845  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0027  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.905353  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0109  5S ribosomal RNA  86.42 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00459637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0003  5S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.701681  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0009  5S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.10388  hitchhiker  0.000696036 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0021  5S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0130  5S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0054  5S ribosomal RNA  86.25 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0048  5S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147764  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0054  5S ribosomal RNA  87.32 
 
 		 119 bp  69.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>