114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0044 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0044  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0049  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 115 bp  121  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.872613  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0055  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 115 bp  121  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0061  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 115 bp  121  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0027  5S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 120 bp  117  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.979721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0044  5S ribosomal RNA  87.83 
 
 		 120 bp  117  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0045  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.324988  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0025  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.555911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0004  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0436241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0039  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0083  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0070  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0056  5S ribosomal RNA  86.67 
 
 		 115 bp  83.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0017  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0032  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884857  normal  0.731684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0036  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0047  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.352215 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0063  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0074  5S ribosomal RNA  90.77 
 
 		 121 bp  81.8  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0017  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.323887 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0025  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0040  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.639807  normal  0.162751 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0055  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0075  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.342975  hitchhiker  0.00123002 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0078  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0017  5S ribosomal RNA  87.01 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0183737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0032  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 128 bp  73.8  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0044  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 128 bp  73.8  0.000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.817177  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0009  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0017  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0024  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0030  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.652911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0038  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.717711  normal  0.0425336 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0040  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0032  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0009  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.858211  normal  0.324927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0018  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.189573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0025  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0032  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0038  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.11419 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0025  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.459339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0019  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0011  5S ribosomal RNA  85.39 
 
 		 115 bp  73.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.412801 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0022  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0061  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.449683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0017  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0262  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 119 bp  65.9  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1082  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 119 bp  65.9  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.769106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S1  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.25658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_rRNA5S2  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 123 bp  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.147903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0029  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0039  5S ribosomal RNA  84.27 
 
 		 114 bp  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0011  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0025  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0031  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0068  5S ribosomal RNA  97.22 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00162838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna48  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0243319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna55  5S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 115 bp  60  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0884571  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0008  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0022  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0042  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0060  5S ribosomal RNA  96.88 
 
 		 115 bp  56  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0006  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 115 bp  54  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000380355  hitchhiker  0.00390757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0011  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 115 bp  54  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.712208  hitchhiker  0.00122523 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0012  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 115 bp  54  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00125226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0081  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 115 bp  54  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.258574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0086  5S ribosomal RNA  86.44 
 
 		 115 bp  54  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000919882  normal  0.263092 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r01  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 126 bp  52  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r04  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 126 bp  52  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.596836  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr01  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 119 bp  52  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1017  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 123 bp  52  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1581  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 123 bp  52  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1789  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 123 bp  52  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.055936  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0014  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0022  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0058  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0068  5S ribosomal RNA  83.33 
 
 		 114 bp  52  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0009  5S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0049  5S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.814167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0059  5S ribosomal RNA  84.44 
 
 		 115 bp  52  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.554269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0010  5S ribosomal RNA  83.12 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.780985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0022  5S ribosomal RNA  83.12 
 
 		 114 bp  50.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0006  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 122 bp  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0039  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 122 bp  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.320086  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_r3  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 122 bp  48.1  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0359227  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0007  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.156774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0029  5S ribosomal RNA  86.54 
 
 		 117 bp  48.1  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0932548  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0040  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.498325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0052  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.678773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0059  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.556959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0067  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.874894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0050  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 		 118 bp  48.1  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  normal  0.069231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0050  23S ribosomal RNA  82.05 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 		 115 bp  44.1  0.008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  81.71 
 
 		 120 bp  44.1  0.008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>