201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1419 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04106  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 712 aa  1169    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3756  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  77.49 
 
 		 712 aa  1169    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4809  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.21 
 
 		 712 aa  1167    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0791  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  73.72 
 
 		 706 aa  1112    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2086  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.08 
 
 		 723 aa  703    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2834  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 705 aa  1214    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.67 
 
 		 712 aa  1157    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1687  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.28 
 
 		 705 aa  1212    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.673685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0525  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.1 
 
 		 712 aa  1163    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2619  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.73 
 
 		 705 aa  1179    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1600  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.58 
 
 		 705 aa  1176    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0417  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  76.67 
 
 		 712 aa  1140    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.28 
 
 		 705 aa  1212    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.837695  hitchhiker  0.000803625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000107  ribonucleotide reductase of class III (anaerobic) large subunit  75.25 
 
 		 706 aa  1130    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.185061  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4798  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.64 
 
 		 712 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1419  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  100 
 
 		 704 aa  1471    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4734  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.64 
 
 		 712 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.715295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3691  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.09 
 
 		 712 aa  1175    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.693089  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4853  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.64 
 
 		 712 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1468  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  72.77 
 
 		 708 aa  1103    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.897136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2441  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 705 aa  1214    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2511  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 705 aa  1215    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2443  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  82.13 
 
 		 705 aa  1238    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0277  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  47.46 
 
 		 747 aa  687    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1116  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  52.99 
 
 		 733 aa  669    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.287436  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0138  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.99 
 
 		 738 aa  652    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.450422 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1942  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  48.87 
 
 		 734 aa  700    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3049  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.01 
 
 		 705 aa  1163    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0131887  normal  0.0662102 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2603  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 705 aa  1214    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000597359 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5758  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.64 
 
 		 712 aa  1170    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4035  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.09 
 
 		 712 aa  1175    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1275  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.44 
 
 		 705 aa  1167    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198508 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3773  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 712 aa  1169    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0740  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  69.52 
 
 		 704 aa  1058    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04070  hypothetical protein  77.49 
 
 		 712 aa  1169    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3580  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.1 
 
 		 712 aa  1148    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1665  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.28 
 
 		 705 aa  1214    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3748  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.81 
 
 		 712 aa  1170    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  79.72 
 
 		 705 aa  1177    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21480  ribonucleoside-triphosphate reductase class III catalytic subunit  49.86 
 
 		 754 aa  713    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0437  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.07 
 
 		 712 aa  1168    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1540  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80 
 
 		 705 aa  1211    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4832  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.64 
 
 		 712 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0445  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  74.25 
 
 		 706 aa  1122    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4703  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 712 aa  1171    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.854638 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4718  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.35 
 
 		 712 aa  1168    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2640  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.82 
 
 		 616 aa  646    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1317  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  45.97 
 
 		 744 aa  645    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2694  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  50.82 
 
 		 616 aa  646    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1650  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  80.28 
 
 		 705 aa  1212    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3556  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  78.09 
 
 		 712 aa  1175    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4846  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.21 
 
 		 712 aa  1166    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.758929  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05713  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  75.25 
 
 		 706 aa  1130    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4492  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  77.49 
 
 		 712 aa  1169    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2183  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  51 
 
 		 616 aa  632  1e-180  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1539  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  49.51 
 
 		 736 aa  629  1e-179  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.854468  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1125  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  43.01 
 
 		 805 aa  608  1e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1929  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  42.5 
 
 		 802 aa  595  1e-168  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2300  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  43.83 
 
 		 765 aa  595  1e-168  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3050  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  39.23 
 
 		 708 aa  471  1.0000000000000001e-131  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1233  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  37.52 
 
 		 704 aa  459  9.999999999999999e-129  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1001  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  36.72 
 
 		 706 aa  456  1e-127  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04760  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  35.72 
 
 		 737 aa  403  1e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.496041  normal  0.437074 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1124  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  34.39 
 
 		 740 aa  395  1e-108  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02440  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  34.6 
 
 		 740 aa  391  1e-107  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.187193  normal  0.336585 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  33.05 
 
 		 670 aa  355  2e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00598152  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1054  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.71 
 
 		 746 aa  349  1e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0127  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  32.65 
 
 		 736 aa  348  2e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0693  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.72 
 
 		 676 aa  347  6e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2830  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.51 
 
 		 705 aa  334  3e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2516  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.51 
 
 		 705 aa  332  1e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0048  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.39 
 
 		 759 aa  319  9e-86  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2571  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.98 
 
 		 775 aa  317  6e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0702  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  30.59 
 
 		 769 aa  313  6.999999999999999e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000299094  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2252  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  32.46 
 
 		 618 aa  288  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00612019  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3310  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.97 
 
 		 618 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3622  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.97 
 
 		 619 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00561072  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3398  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.97 
 
 		 618 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118743  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3663  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.97 
 
 		 618 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0424871  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3629  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.97 
 
 		 618 aa  284  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113907  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3360  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.81 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000577057  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3614  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.81 
 
 		 618 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.58287e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3711  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.48 
 
 		 619 aa  282  1e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0130664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1604  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.48 
 
 		 618 aa  282  2e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000379053  hitchhiker  0.000000212198 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3290  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  31.48 
 
 		 618 aa  279  2e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1260  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  27.04 
 
 		 798 aa  258  3e-67  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0351  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  35.55 
 
 		 789 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.478958  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1071  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  34.17 
 
 		 1197 aa  231  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00208711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3590  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase  28.44 
 
 		 720 aa  227  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3397  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.97 
 
 		 686 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2681  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.87 
 
 		 681 aa  154  4e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.252342 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0892  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  26.51 
 
 		 695 aa  150  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0982994  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0068  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.77 
 
 		 697 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3016  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.99 
 
 		 685 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1449  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.7 
 
 		 705 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.437594 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0548  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.34 
 
 		 695 aa  146  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1473  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.7 
 
 		 704 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.935092 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0421  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.7 
 
 		 689 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0963  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  24.75 
 
 		 683 aa  144  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.391943 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1190  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase  23.8 
 
 		 690 aa  142  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.629609 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>