264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0054 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0061  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296073  normal  0.403996 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0034  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.952764  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0039  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.103551 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0047  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000841137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0004  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0355  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.337369  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4557  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0023  tRNA-Thr  85.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0578997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0070  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0041  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6021  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.893316 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAThrVIMSS1309202  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.083443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0031  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0975905  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2253  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.986427  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309355  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.824908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAThrVIMSS1309299  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0668617 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAThrVIMSS1309354  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0891  flagellar basal body P-ring biosynthesis protein FlgA  88 
 
 		 777 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.101452  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>