237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0029 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.217954 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0012  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000603563  normal  0.0893983 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0011  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000691484  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0034  tRNA-Thr  88.31 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.88486  normal  0.49295 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0034  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000469918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0004  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0015  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000000030839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0004  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0009  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000259067  hitchhiker  0.000000000126402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0055  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000011398  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2191  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000534865  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0061  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000296073  normal  0.403996 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0034  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.952764  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0047  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000841137  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1673  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000301806  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0039  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.103551 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2233  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0059  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0008  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00116073  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0047  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0016  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0035  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0061  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0056  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0054  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0055  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0008  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0074  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.747725  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0032  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000144022  normal  0.819537 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0013  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0016  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236341  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0317  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144022  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1871  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0184728  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1361  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0058  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000341468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0055  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.872606 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0027  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0020  tRNA-Thr  85.9 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056123  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0066  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380799  normal  0.1543 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0088  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000142546  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0025  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257059  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0031  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0012  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000512028  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1326  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00274987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t101  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0024  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t064  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0492871  hitchhiker  0.000000924528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0133  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000850923  normal  0.0129533 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0023  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000013952  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>