More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2581 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  100 
 
 
310 aa  623  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0900  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  85.31 
 
 
301 aa  501  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.2 
 
 
296 aa  396  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.62 
 
 
314 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.97 
 
 
294 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.82 
 
 
315 aa  386  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.59 
 
 
311 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  71.1 
 
 
296 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  69.66 
 
 
298 aa  375  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  67.24 
 
 
298 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.26 
 
 
298 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  68.26 
 
 
298 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.98 
 
 
297 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  74 
 
 
294 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2354  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.6 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0532352  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  72.73 
 
 
297 aa  350  2e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0982  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  73.14 
 
 
297 aa  349  4e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  57.51 
 
 
327 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  55.38 
 
 
338 aa  314  9e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  55.37 
 
 
309 aa  311  9e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  62.31 
 
 
312 aa  304  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  59.03 
 
 
302 aa  300  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  57.39 
 
 
292 aa  291  8e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  54.34 
 
 
323 aa  287  2e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  62.35 
 
 
299 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  56.36 
 
 
323 aa  285  7e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  54.61 
 
 
300 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3769  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  62.4 
 
 
301 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0219396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3126  Glutamate--tRNA ligase  52.13 
 
 
307 aa  280  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  51.51 
 
 
316 aa  276  3e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  60.46 
 
 
283 aa  275  9e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3032  glutamate--tRNA ligase  56.68 
 
 
335 aa  271  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.490403  normal  0.333291 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 
301 aa  269  5e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  52.57 
 
 
303 aa  258  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00000376322  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  54.66 
 
 
311 aa  248  8e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000386478  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  56.1 
 
 
314 aa  247  1e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3639  Glutamate--tRNA ligase  56.82 
 
 
318 aa  245  6e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.917927  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  53.58 
 
 
295 aa  240  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.85 
 
 
314 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00405  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.45 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  52.19 
 
 
311 aa  236  2e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000178146  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3371  glutamate--tRNA ligase  52.52 
 
 
309 aa  232  5e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0518  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  47.39 
 
 
302 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5440  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.44 
 
 
293 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.96 
 
 
300 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000548174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  48.61 
 
 
300 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.39 
 
 
294 aa  226  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  50.6 
 
 
295 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000657167 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  52.05 
 
 
313 aa  223  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62510  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  47.4 
 
 
293 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.632499  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0922  glutamate--tRNA ligase  49.05 
 
 
300 aa  223  3e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  45.13 
 
 
318 aa  223  3e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  52.65 
 
 
295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.68 
 
 
295 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000687127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.64 
 
 
310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4805  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  51.2 
 
 
298 aa  219  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167775  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.63 
 
 
291 aa  218  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0676  glutamate--tRNA ligase  53.67 
 
 
310 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  51.01 
 
 
295 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  51.23 
 
 
310 aa  217  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2749  Glutamate--tRNA ligase  50.39 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.242915  normal  0.441865 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0848  glutamate--tRNA ligase  43.49 
 
 
304 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000166391  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3373  glutamate--tRNA ligase  46.85 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0303473 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0583  glutamate--tRNA ligase  45.8 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0673  glutamate--tRNA ligase  45.86 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.930403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0883  glutamate--tRNA ligase  42.81 
 
 
304 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000349981  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  49.24 
 
 
298 aa  212  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3491  glutamate--tRNA ligase  42.81 
 
 
304 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000545607  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0871  Glutamate--tRNA ligase  42.81 
 
 
304 aa  209  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000393825  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0873  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  44.1 
 
 
299 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3799  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  44.91 
 
 
299 aa  207  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000213424  hitchhiker  0.0000243395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0697  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.86 
 
 
292 aa  205  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000088618  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00143  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.58 
 
 
308 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000965107  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3515  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.58 
 
 
308 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000809743  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00142  hypothetical protein  45.58 
 
 
308 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000073692  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0779  glutamyl-tRNA synthetase domain-containing protein  44.06 
 
 
290 aa  204  2e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00289158  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3458  Glutamate--tRNA ligase  45.42 
 
 
308 aa  203  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000233336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0155  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.95 
 
 
308 aa  203  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000330797  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0135  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.8 
 
 
308 aa  203  3e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000952983  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4012  glutamate--tRNA ligase  41.6 
 
 
299 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000166236  normal  0.954035 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0147  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.42 
 
 
308 aa  203  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000535998  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3171  glutamate--tRNA ligase  45.9 
 
 
287 aa  202  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000837027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3129  glutamate--tRNA ligase  41.4 
 
 
299 aa  202  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000921619  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0153  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.08 
 
 
308 aa  202  7e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000216792  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  48.7 
 
 
303 aa  202  8e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  0.00000345941 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0148  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  45.08 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0729  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.96 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000294668  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1163  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  44.48 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0216761  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3293  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.96 
 
 
299 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000189418  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002564  glutamyl-Q-tRNA synthetase  44.69 
 
 
287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000502231  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3130  glutamate--tRNA ligase  43.56 
 
 
319 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000103356  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3405  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  42.96 
 
 
299 aa  199  6e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000337292  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.05 
 
 
313 aa  198  7e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3115  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  43.79 
 
 
352 aa  198  9e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000632224  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>