44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3104 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3104  HupH hydrogenase expression protein  100 
 
 		 277 aa  551  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3369  hydrogenase-1 expression HyaE  64.6 
 
 		 277 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.538768  normal  0.404781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0502  HupH hydrogenase expression/formation protein  67.27 
 
 		 272 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2153  HupH hydrogenase expression protein  67.64 
 
 		 272 aa  354  8.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0187261  normal  0.0790955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2179  HupH hydrogenase expression protein  53.79 
 
 		 284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.169361  normal  0.203382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1156  HupH hydrogenase expression protein  48.43 
 
 		 295 aa  247  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.185385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2819  hydrogenase expression/formation protein, putative  46.18 
 
 		 291 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1290  HupH hydrogenase expression protein  44.56 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00649366  normal  0.744496 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2023  HupH hydrogenase expression protein  44.88 
 
 		 278 aa  191  8e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.590217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1968  HupH hydrogenase expression protein  42.55 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50530  hydrogenase expression/formation protein HoxQ  41.46 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0212314  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3983  HupH hydrogenase expression protein, C-terminal region  40.78 
 
 		 287 aa  167  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0161  hydrogenase expression/formation protein, putative  42.53 
 
 		 278 aa  142  7e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1704  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  32.97 
 
 		 353 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1803  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  32.97 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.080124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1645  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  32.97 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.714022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7259  HupH hydrogenase expression protein  34.41 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302833  normal  0.611247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2002  hydrogenase expression/formation  37.62 
 
 		 287 aa  138  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1638  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  32.97 
 
 		 353 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.312684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1637  hydrogenase-1 operon protein HyaF2  32.61 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1169  HupH hydrogenase expression protein  35.62 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3766  HupH hydrogenase expression protein  38.14 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1161  HupH hydrogenase expression protein  38.08 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0867105  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0333  HupH hydrogenase expression protein  39.38 
 
 		 276 aa  125  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.019475  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1929  hydrogenase-1 operon protein HyaF  32.38 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1989  hydrogenase-1 operon protein HyaF  32.38 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1933  hydrogenase-1 operon protein HyaF  32.74 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1343  hydrogenase-1 operon protein HyaF  32.38 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1527  hydrogenase-1 operon protein HyaF  32.38 
 
 		 282 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.912059  normal  0.309367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2338  hydrogenase-1 operon protein HyaF  31.07 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1092  hydrogenase-1 operon protein HyaF  31.43 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0494074  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00987  hypothetical protein  31.07 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.229942  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2667  HupH hydrogenase expression protein  31.07 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.383756  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2619  HupH hydrogenase expression protein  31.07 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808687 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1085  hydrogenase-1 operon protein HyaF  31.07 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00980  HyaF  31.07 
 
 		 285 aa  115  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.233288  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2140  hydrogenase-1 operon protein HyaF  31.43 
 
 		 285 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.634628  normal  0.881946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1213  hydrogenase-1 operon protein HyaF  31.07 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1166  hydrogenase expression/formation protein hupH  36.97 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.712974  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1270  hypothetical protein  29.2 
 
 		 150 aa  52  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0045  HupH hydrogenase expression protein  27.73 
 
 		 129 aa  47.4  0.0003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2880  HupH hydrogenase expression protein  29.35 
 
 		 138 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.987581 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3282  hydrogenase expression protein, putative  29.35 
 
 		 136 aa  45.4  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0170  hypothetical protein  27.43 
 
 		 133 aa  42.7  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>