52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1654 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1654  hypothetical protein  100 
 
 		 424 aa  882    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.159244  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3724  hypothetical protein  92.05 
 
 		 418 aa  796    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4619  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  62.41 
 
 		 436 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000187053  hitchhiker  0.0000000628519 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2911  hypothetical protein  56.59 
 
 		 435 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1862  hypothetical protein  54.03 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7439  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  52.67 
 
 		 445 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4726  hypothetical protein  44.33 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.445039  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1981  hypothetical protein  45.72 
 
 		 428 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51853  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2661  hypothetical protein  40.88 
 
 		 429 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3669  putative 5-methylcytosine restriction system component  36.36 
 
 		 436 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3330  hypothetical protein  36.08 
 
 		 428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2471  5-methylcytosine restriction system component- like protein  35.99 
 
 		 428 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.248512 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1240  hypothetical protein  31.18 
 
 		 438 aa  209  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0689849  hitchhiker  0.000177876 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0003  hypothetical protein  31.28 
 
 		 416 aa  192  1e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.00559809  unclonable  0.0000000111615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3671  hypothetical protein  41.11 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0135  hypothetical protein  28.02 
 
 		 443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0584774  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0154  hypothetical protein  28.37 
 
 		 445 aa  162  1e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.899736  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0176  hypothetical protein  31.6 
 
 		 288 aa  133  6e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1591  hypothetical protein  29.33 
 
 		 429 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1011  5-methylcytosine restriction system component-like protein  28.61 
 
 		 460 aa  124  2e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000144218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4531  hypothetical protein  32.08 
 
 		 267 aa  123  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.814257  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3309  IQ calmodulin-binding- domain protein  31.74 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0993  hypothetical protein  25.3 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.235646  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1299  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  25.91 
 
 		 437 aa  108  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000217939  normal  0.126015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3470  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  25.87 
 
 		 423 aa  99  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00801853  normal  0.511219 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3270  hypothetical protein  26.11 
 
 		 453 aa  98.6  2e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0179938  normal  0.335413 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0806  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.81 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0894928  hitchhiker  0.000053751 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1703  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  25.2 
 
 		 421 aa  85.1  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0350  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  28.85 
 
 		 687 aa  82  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1386  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.29 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6960  hypothetical protein  25.11 
 
 		 405 aa  67  0.0000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00920086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05460  McrBC 5-methylcytosine restriction system component  26.51 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0863  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  22.95 
 
 		 418 aa  64.3  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0026  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  26.23 
 
 		 334 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.579056  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2402  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.1 
 
 		 431 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0976  hypothetical protein  25.73 
 
 		 430 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0362174 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3300  5-methylcytosine restriction system component- like protein  24 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0437  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  33 
 
 		 164 aa  59.7  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0832  hitchhiker  0.00000000000258291 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1283  5-methylcytosine restriction system component- like protein  20.31 
 
 		 350 aa  59.7  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000503694  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0253  hypothetical protein  21.94 
 
 		 498 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.13037  normal  0.68079 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0952  hypothetical protein  22.45 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3197  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  25.71 
 
 		 446 aa  50.4  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0398257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0227  hypothetical protein  25.37 
 
 		 514 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0395217  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0783  5-methylcytosine restriction system component- like protein  24.14 
 
 		 409 aa  49.3  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3582  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  24.56 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7821  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  23.77 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04175  hypothetical protein  21.76 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3652  5-methylcytosine-specific restriction enzyme subunit McrC  21.76 
 
 		 348 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04211  5-methylcytosine-specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC  21.76 
 
 		 348 aa  45.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1910  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  22.76 
 
 		 437 aa  43.1  0.008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0230  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  20.9 
 
 		 397 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012519 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0940  5-methylcytosine-specific restriction enzyme subunit McrC  22.68 
 
 		 374 aa  43.1  0.01  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000244795 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>