46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3470 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3470  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  100 
 
 		 423 aa  874    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00801853  normal  0.511219 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1240  hypothetical protein  29.75 
 
 		 438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0689849  hitchhiker  0.000177876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2661  hypothetical protein  30.35 
 
 		 429 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0003  hypothetical protein  30.77 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  hitchhiker  0.00559809  unclonable  0.0000000111615 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1591  hypothetical protein  27.68 
 
 		 429 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0993  hypothetical protein  28.11 
 
 		 437 aa  116  6e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.235646  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3309  IQ calmodulin-binding- domain protein  26.48 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3669  putative 5-methylcytosine restriction system component  25.93 
 
 		 436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1011  5-methylcytosine restriction system component-like protein  27.16 
 
 		 460 aa  110  6e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000144218  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0154  hypothetical protein  27.17 
 
 		 445 aa  105  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.899736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1981  hypothetical protein  29.39 
 
 		 428 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.51853  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2471  5-methylcytosine restriction system component- like protein  24.74 
 
 		 428 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.248512 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0135  hypothetical protein  26.89 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0584774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3724  hypothetical protein  25.73 
 
 		 418 aa  100  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1654  hypothetical protein  25.87 
 
 		 424 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.159244  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7439  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  25.96 
 
 		 445 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4726  hypothetical protein  26.09 
 
 		 422 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.445039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4619  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  23.28 
 
 		 436 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000187053  hitchhiker  0.0000000628519 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3330  hypothetical protein  24.19 
 
 		 428 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1386  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.69 
 
 		 411 aa  87  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2911  hypothetical protein  25.39 
 
 		 435 aa  86.7  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0176  hypothetical protein  29.48 
 
 		 288 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1862  hypothetical protein  24.4 
 
 		 431 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1703  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  25.47 
 
 		 421 aa  76.3  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1299  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  24.22 
 
 		 437 aa  75.9  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000217939  normal  0.126015 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1283  5-methylcytosine restriction system component- like protein  26.7 
 
 		 350 aa  69.7  0.0000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000503694  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3671  hypothetical protein  22.41 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2402  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  23.82 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.073965 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0806  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.61 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0894928  hitchhiker  0.000053751 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3582  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  25.42 
 
 		 405 aa  61.2  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0952  hypothetical protein  22.64 
 
 		 441 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1561  5-methylcytosine restriction system component- like protein  21.14 
 
 		 451 aa  57.8  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0026  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  25.37 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.579056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4531  hypothetical protein  25.59 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.814257  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3197  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  22.15 
 
 		 446 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0398257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3753  5-methylcytosine-specific restriction enzyme subunit McrC  21.71 
 
 		 351 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.537146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3270  hypothetical protein  20.9 
 
 		 453 aa  50.1  0.00007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0179938  normal  0.335413 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04175  hypothetical protein  22.22 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1910  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  24.59 
 
 		 437 aa  49.7  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3652  5-methylcytosine-specific restriction enzyme subunit McrC  22.22 
 
 		 348 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04211  5-methylcytosine-specific restriction enzyme McrBC, subunit McrC  22.22 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05460  McrBC 5-methylcytosine restriction system component  22.01 
 
 		 393 aa  48.9  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0783  5-methylcytosine restriction system component- like protein  22.76 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0350  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like  28.33 
 
 		 687 aa  45.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0227  hypothetical protein  22.47 
 
 		 514 aa  44.3  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0395217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0863  McrBC 5-methylcytosine restriction system component-like protein  23.36 
 
 		 418 aa  43.1  0.01  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>