17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3900 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3900  hicA protein  100 
 
 		 82 aa  167  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2667  HicA protein  76.83 
 
 		 83 aa  131  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4585  HicA protein  60 
 
 		 81 aa  94  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4478  HicA protein  56.25 
 
 		 81 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000136781  normal  0.357695 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0281  hypothetical protein  40 
 
 		 87 aa  57.8  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.098703  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0432  hypothetical protein  41.25 
 
 		 80 aa  57  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1480  hicA protein  38.1 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.521208 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5180  hypothetical protein  37.8 
 
 		 84 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1717  hypothetical protein  32.1 
 
 		 83 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00490607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0179  HicA protein  37.35 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.96849  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4137  hypothetical protein  39.06 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4181  hypothetical protein  35.37 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.778735  normal  0.259511 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0060  hypothetical protein  35.37 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0021  HicA protein  31.71 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00405452  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4241  hypothetical protein  38.98 
 
 		 59 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2251  HicA protein  31.71 
 
 		 84 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2261  HicA protein  33.33 
 
 		 84 aa  40.8  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>