42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0017 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0017  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  100 
 
 
119 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499101  unclonable  0.000000189493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0011  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570728  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0009  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000754026  normal  0.103636 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0009  hypothetical protein  100 
 
 
119 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4755  hypothetical protein  69.92 
 
 
124 aa  174  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5037  hypothetical protein  71.67 
 
 
121 aa  167  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.038586  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2345  hypothetical protein  67.5 
 
 
120 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4167  hypothetical protein  68.91 
 
 
119 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189495  normal  0.273328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3014  hypothetical protein  65 
 
 
123 aa  158  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4794  hypothetical protein  63.11 
 
 
122 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3693  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  64.46 
 
 
121 aa  153  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.643108  decreased coverage  0.000194447 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2795  H-NS family protein MvaT  63.87 
 
 
121 aa  151  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289356  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2947  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  61.98 
 
 
123 aa  150  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194319  normal  0.217791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0281  hypothetical protein  60.5 
 
 
121 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2138  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  60.17 
 
 
119 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000737433  hitchhiker  0.00000269456 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2102  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  60.17 
 
 
119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.313756  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2443  hypothetical protein  60.83 
 
 
120 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0503835  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3765  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  59.32 
 
 
119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148956  normal  0.0287223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1998  hypothetical protein  58.47 
 
 
134 aa  144  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.989293  hitchhiker  0.000130496 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0128  hypothetical protein  57.14 
 
 
121 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2921  H-NS family protein MvaT  58.33 
 
 
121 aa  142  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0220889  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1634  hypothetical protein  57.98 
 
 
138 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0882393  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29590  putative transcriptional regulator  58.12 
 
 
117 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.656804  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2971  transcriptional regulator, putative  57.14 
 
 
120 aa  140  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0855395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3103  transcriptional regulator, putative  57.14 
 
 
120 aa  140  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000951367  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3337  transcriptional regulator, putative  62.5 
 
 
121 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2532  hypothetical protein  56.41 
 
 
117 aa  137  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2960  hypothetical protein  64.17 
 
 
121 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437612  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3313  H-NS family protein MvaT  47.06 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.724808 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1366  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  48.36 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000478135  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4357  hypothetical protein  48.36 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.00000000000135149  normal  0.0272701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4448  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  47.54 
 
 
125 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222895  hitchhiker  0.00000983981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1006  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  49.17 
 
 
125 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000105934  hitchhiker  0.0000000000004027 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1652  H-NS family protein MvaT  47.93 
 
 
125 aa  110  5e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469447  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4437  H-NS family protein MvaT  46.67 
 
 
125 aa  110  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00708385  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56070  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  47.5 
 
 
124 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0979321  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4019  transcriptional regulator, putative  44.63 
 
 
126 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000000036562  normal  0.0246266 
 
 
 
NC_004578  PSPTO_4315  transcriptional regulator, putative  44.63 
 
 
126 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000286205  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4883  transcriptional regulator MvaT  45 
 
 
125 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38310  Transcriptional regulator MvaT  44.63 
 
 
126 aa  106  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0396822  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2608  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  41.18 
 
 
122 aa  99.8  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000264068  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4162  hypothetical protein  42.42 
 
 
99 aa  58.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>