43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4315 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4315  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 126 aa  256  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000286205  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4019  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 126 aa  256  7e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000000036562  normal  0.0246266 
 
 
 
NC_007492  Pfl01_4437  H-NS family protein MvaT  90.48 
 
 		 125 aa  227  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00708385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1006  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  87.2 
 
 		 125 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000105934  hitchhiker  0.0000000000004027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4448  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  87.2 
 
 		 125 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222895  hitchhiker  0.00000983981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4357  hypothetical protein  86.4 
 
 		 125 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.00000000000135149  normal  0.0272701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3313  H-NS family protein MvaT  87.3 
 
 		 134 aa  218  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.724808 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1366  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  86.4 
 
 		 125 aa  217  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000478135  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38310  Transcriptional regulator MvaT  81.6 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0396822  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56070  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  82.54 
 
 		 124 aa  202  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0979321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4883  transcriptional regulator MvaT  79.37 
 
 		 125 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3693  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  55.37 
 
 		 121 aa  134  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.643108  decreased coverage  0.000194447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3103  transcriptional regulator, putative  55.28 
 
 		 120 aa  130  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000951367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2971  transcriptional regulator, putative  54.47 
 
 		 120 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0855395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2345  hypothetical protein  52.03 
 
 		 120 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2443  hypothetical protein  55.28 
 
 		 120 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0503835  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4755  hypothetical protein  52.85 
 
 		 124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4167  hypothetical protein  52.89 
 
 		 119 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189495  normal  0.273328 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2102  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  52.89 
 
 		 119 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.313756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3014  hypothetical protein  51.61 
 
 		 123 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2947  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  51.15 
 
 		 123 aa  124  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194319  normal  0.217791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2138  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  52.07 
 
 		 119 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000737433  hitchhiker  0.00000269456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3765  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  52.07 
 
 		 119 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148956  normal  0.0287223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1998  hypothetical protein  50.82 
 
 		 134 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.989293  hitchhiker  0.000130496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1634  hypothetical protein  54.47 
 
 		 138 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0882393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4794  hypothetical protein  50.41 
 
 		 122 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2532  hypothetical protein  51.24 
 
 		 117 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29590  putative transcriptional regulator  50.41 
 
 		 117 aa  117  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.656804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5037  hypothetical protein  46.72 
 
 		 121 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.038586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2921  H-NS family protein MvaT  49.59 
 
 		 121 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0220889  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0128  hypothetical protein  52.46 
 
 		 121 aa  114  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2795  H-NS family protein MvaT  50.82 
 
 		 121 aa  114  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1652  H-NS family protein MvaT  47.93 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469447  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0009  hypothetical protein  44.63 
 
 		 119 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0017  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  44.63 
 
 		 119 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499101  unclonable  0.000000189493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0011  hypothetical protein  44.63 
 
 		 119 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0009  hypothetical protein  44.63 
 
 		 119 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000754026  normal  0.103636 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0281  hypothetical protein  48.76 
 
 		 121 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2608  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  43.44 
 
 		 122 aa  107  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000264068  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3337  transcriptional regulator, putative  43.8 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2960  hypothetical protein  45.45 
 
 		 121 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4162  hypothetical protein  41.1 
 
 		 99 aa  60.1  0.000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4154  hypothetical protein  41.67 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>