43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2960 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2960  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  245  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3337  transcriptional regulator, putative  95.87 
 
 		 121 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4755  hypothetical protein  66.67 
 
 		 124 aa  164  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0009  hypothetical protein  65.83 
 
 		 119 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0009  hypothetical protein  65.83 
 
 		 119 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000754026  normal  0.103636 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0011  hypothetical protein  65.83 
 
 		 119 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.570728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0017  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  65.83 
 
 		 119 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499101  unclonable  0.000000189493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5037  hypothetical protein  61.98 
 
 		 121 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.038586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2795  H-NS family protein MvaT  63.33 
 
 		 121 aa  156  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.289356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4167  hypothetical protein  62.5 
 
 		 119 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189495  normal  0.273328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0128  hypothetical protein  61.29 
 
 		 121 aa  154  4e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1634  hypothetical protein  63.03 
 
 		 138 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0882393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2345  hypothetical protein  62.18 
 
 		 120 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3014  hypothetical protein  61.67 
 
 		 123 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0281  hypothetical protein  59.5 
 
 		 121 aa  150  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4794  hypothetical protein  58.33 
 
 		 122 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2532  hypothetical protein  60.33 
 
 		 117 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3693  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  61.67 
 
 		 121 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.643108  decreased coverage  0.000194447 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29590  putative transcriptional regulator  59.5 
 
 		 117 aa  147  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.656804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3103  transcriptional regulator, putative  57.02 
 
 		 120 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000951367  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2971  transcriptional regulator, putative  57.02 
 
 		 120 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0855395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2947  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  57.5 
 
 		 123 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194319  normal  0.217791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2102  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  58.68 
 
 		 119 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.313756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2138  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  57.85 
 
 		 119 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000737433  hitchhiker  0.00000269456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3765  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit, putative  57.02 
 
 		 119 aa  140  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148956  normal  0.0287223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2443  hypothetical protein  57.5 
 
 		 120 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0503835  normal  0.228348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1998  hypothetical protein  56.2 
 
 		 134 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.989293  hitchhiker  0.000130496 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2921  H-NS family protein MvaT  52.89 
 
 		 121 aa  136  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0220889  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56070  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  47.06 
 
 		 124 aa  120  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0979321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3313  H-NS family protein MvaT  47.9 
 
 		 134 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.724808 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4883  transcriptional regulator MvaT  48.36 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4357  hypothetical protein  49.17 
 
 		 125 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.00000000000135149  normal  0.0272701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4448  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  48.33 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000222895  hitchhiker  0.00000983981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1006  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  48.33 
 
 		 125 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000105934  hitchhiker  0.0000000000004027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1366  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  48.33 
 
 		 125 aa  114  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000478135  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4437  H-NS family protein MvaT  45.83 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00708385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4019  transcriptional regulator, putative  45.45 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000000036562  normal  0.0246266 
 
 
 
NC_004578  PSPTO_4315  transcriptional regulator, putative  45.45 
 
 		 126 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000286205  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1652  H-NS family protein MvaT  47.97 
 
 		 125 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000469447  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38310  Transcriptional regulator MvaT  42.98 
 
 		 126 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0396822  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2608  transcriptional regulator MvaT, P16 subunit  41.73 
 
 		 122 aa  98.2  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000264068  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4162  hypothetical protein  50 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4154  hypothetical protein  32.14 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>