20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1599 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1599  integrase family protein  100 
 
 		 434 aa  907    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0693815  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2901  phage integrase family protein  40.93 
 
 		 400 aa  267  2.9999999999999995e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0329  Phage integrase  34.38 
 
 		 513 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.793111  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3892  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34 
 
 		 437 aa  225  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1698  integrase family protein  34.24 
 
 		 436 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1125  phage integrase family protein  30.38 
 
 		 533 aa  182  1e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0516  integrase family protein  29.65 
 
 		 521 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2950  integrase family protein  26.21 
 
 		 451 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0558  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 517 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0583  integrase family protein  25.19 
 
 		 517 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0312483 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0589  integrase family protein  25.19 
 
 		 517 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3233  integrase family protein  29.62 
 
 		 526 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2290  integrase family protein  27.61 
 
 		 515 aa  79.3  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2309  phage integrase family protein  22.13 
 
 		 502 aa  75.9  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4064  integrase family protein  27.78 
 
 		 337 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4604  site-specific recombinase, phage integrase family  21.43 
 
 		 531 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.049698  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4012  hypothetical protein  23.85 
 
 		 559 aa  47.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.664622 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0323  phage integrase  25.42 
 
 		 342 aa  46.6  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.539738 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1465  Tn554-related, transposase B  31.52 
 
 		 675 aa  46.6  0.0009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000329851  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4149  integrase family protein  23.48 
 
 		 498 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.353708 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>