28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3797 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3797  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 110 aa  219  7e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0900  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  62.63 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1141  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  48.45 
 
 		 101 aa  87  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1316  anti-sigma-factor antagonist  46.59 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132895  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3295  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.18 
 
 		 104 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0787  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  43.18 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0914  STAS domain protein  42.86 
 
 		 96 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04746  stas domain, putative  42.22 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2319  anti-anti-sigma factor, putative  35.35 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  31.11 
 
 		 110 aa  50.4  0.000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1984  protein of unknown function DUF140  31.87 
 
 		 383 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0987368  normal  0.622106 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2712  hypothetical protein  38.67 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1492  anti-sigma-factor antagonist  29.81 
 
 		 134 aa  46.2  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  28.89 
 
 		 110 aa  43.5  0.0009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0632  anti-sigma-factor antagonist  35.56 
 
 		 105 aa  43.5  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2621  sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  39.19 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0024  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  32.94 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0828  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0501  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1534  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 110 aa  41.2  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.02614 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0237  putative CheA signal transduction histidine kinase  39.74 
 
 		 669 aa  41.2  0.004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0874018 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2451  anti-sigma-factor antagonist  27.38 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2195  protein of unknown function DUF140  26.5 
 
 		 394 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130725  normal  0.119918 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1795  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  30.91 
 
 		 110 aa  40.8  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1255  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.681714  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  41.3 
 
 		 250 aa  40.4  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0331  anti-sigma-factor antagonist  41.1 
 
 		 105 aa  40.4  0.008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  27.78 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>