39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2140 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2140  hypothetical protein  100 
 
 		 48 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00438563 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1283  hypothetical protein  58.14 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0732526  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2390  hypothetical protein  60 
 
 		 103 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0776  Protein of unknown function DUF2136  56.82 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04054  hypothetical protein  59.52 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2088  hypothetical protein  62.5 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336628  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1390  hypothetical protein  55.32 
 
 		 101 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0141608  normal  0.0169313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4802  hypothetical protein  53.33 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.926039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0266  hypothetical protein  64.1 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5486  hypothetical protein  58.14 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189527 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0816  hypothetical protein  53.33 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0252247  hitchhiker  0.00192585 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4950  hypothetical protein  53.49 
 
 		 100 aa  53.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.561609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0232  hypothetical protein  53.49 
 
 		 113 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0163906 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1614  hypothetical protein  53.49 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.900477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1534  hypothetical protein  56.82 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.575367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2130  hypothetical protein  47.73 
 
 		 97 aa  51.6  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4863  hypothetical protein  59.09 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0264  hypothetical protein  52.27 
 
 		 98 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0544079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3110  hypothetical protein  50 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4296  hypothetical protein  48.78 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.652995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2481  hypothetical protein  59.09 
 
 		 97 aa  51.2  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.751364  n/a   
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5738  hypothetical protein  52.17 
 
 		 114 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1147  hypothetical protein  50 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4194  hypothetical protein  63.16 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3483  hypothetical protein  52.38 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.125562  normal  0.348283 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2786  hypothetical protein  52.63 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419271 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5529  hypothetical protein  52.5 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000518348  normal  0.809273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4426  hypothetical protein  48.65 
 
 		 98 aa  47  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2592  hypothetical protein  50 
 
 		 99 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0214  hypothetical protein  47.37 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2131  hypothetical protein  47.22 
 
 		 87 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0160329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3977  hypothetical protein  48.72 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.115023  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0211  hypothetical protein  47.37 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0106447  decreased coverage  0.000473791 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1596  hypothetical protein  46.34 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1700  hypothetical protein  46.34 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000135659  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0735  hypothetical protein  50 
 
 		 98 aa  44.7  0.0005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4241  hypothetical protein  48.84 
 
 		 100 aa  44.3  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0395236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0899  hypothetical protein  44.74 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7325  hypothetical protein  40 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>