More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1356 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1356  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.969712 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0040  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0055  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0030  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0051  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0050  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0359841 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0054  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0071  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.503532 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0027  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0051  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0332583 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0015  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0026  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0054  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0025  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0048  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0049  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0072  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.498691 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27450  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0042  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.101529  hitchhiker  0.00000213655 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27400  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0222843  normal  0.668834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0020  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.152661  normal  0.0163497 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0021  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.097858  normal  0.0168782 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0013  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0374183  normal  0.419184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0026  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0012  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.212092  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0013  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.156477  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0158353  normal  0.287055 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0010  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0009  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0013  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0256009 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0051  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.704377 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0046  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0668853 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0051  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000159293 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0018  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0052  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000423304 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0062  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0053  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00198096  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0054  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00220789  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0063  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.43322  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0047  tRNA-Met  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.985232  normal  0.0659545 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0050  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0424906  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0049  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0023  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07670  tRNA-Met  97.96 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0024  tRNA-Met  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19050  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19530  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.241373  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14980  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.014365  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  89.06 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0021  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.790963 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0067  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000761498  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0044  tRNA-Met  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t56  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189804  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2749  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000330212  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0044  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0011  tRNA-Met  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.903466 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5667  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5675  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000376256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5699  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000350684  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-6  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00001255  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0383767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-3  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000267735  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  87.3 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4773  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000665438  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5678  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0306  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5667  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000879492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0604  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969852  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0865  tRNA-Met  87.3 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000813952  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>