299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0054 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_R0027  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0054  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0021  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.097858  normal  0.0168782 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0020  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.152661  normal  0.0163497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0054  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0055  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0026  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0040  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27400  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0222843  normal  0.668834 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0025  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0051  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27450  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0050  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0359841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0071  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.503532 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0072  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.498691 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0048  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0049  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0018  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0046  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0668853 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0047  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.985232  normal  0.0659545 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0051  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0332583 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14038  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.704377 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0009  tRNA-Met  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0013  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.156477  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0042  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.101529  hitchhiker  0.00000213655 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0010  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0013  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0374183  normal  0.419184 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0026  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0009  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0013  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0256009 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0051  tRNA-Met  98.67 
 
 
77 bp  141  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0030  tRNA-Met  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0015  tRNA-Met  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74865  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0024  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0022  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0158353  normal  0.287055 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0050  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0049  tRNA-Met  97.37 
 
 
77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297044  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0023  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0012  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.212092  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0062  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0063  tRNA-Met  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.43322  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0050  tRNA-Met  97.3 
 
 
77 bp  131  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0424906  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0049  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07670  tRNA-Met  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0053  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00198096  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0052  tRNA-Met  97.22 
 
 
74 bp  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000423304 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0054  tRNA-Met  97.22 
 
 
74 bp  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00220789  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0051  tRNA-Met  97.22 
 
 
77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000159293 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19050  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14980  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.014365  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19530  tRNA-Met  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.241373  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0529  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.1797900000000004e-29 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0865  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000813952  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5667  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5675  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000376256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5699  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000350684  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5807  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00231597  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5737  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0182265  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-7  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00436106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-4  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-6  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00001255  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0383767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-3  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000267735  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  92.21 
 
 
80 bp  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.527253  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-4  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000768608  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0790  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3991e-32 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5678  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5667  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000879492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0306  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0282  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5710  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000091391  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4773  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000665438  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0604  tRNA-Met  92.21 
 
 
79 bp  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969852  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1356  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.969712 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5037  tRNA-Met  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.794581  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.91 
 
 
80 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000174152  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0131  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0031  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4566  tRNA-Met  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000236234  normal  0.0841904 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000104946  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0081  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000214937  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0057  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000630751  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0224  tRNA-Met  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000093753  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0082  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000739583  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5049  tRNA-Met  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000236234  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  90.79 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>