More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0068 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0043  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.399945  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0069  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0031  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0021  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.790963 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0067  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0604  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969852  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5807  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00231597  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5667  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5675  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000376256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5699  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000350684  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0182265  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0865  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000813952  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-7  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00436106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-4  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-6  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00001255  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0383767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-3  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000267735  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0529  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.1797900000000004e-29 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5737  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.527253  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0306  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-4  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000768608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000397196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2792  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000935283  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2795  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000169803  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2478  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00948036  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2481  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000303707  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  0.0000321051 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5710  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000091391  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3184  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4773  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000665438  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0790  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3991e-32 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0282  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5667  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000879492  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna065  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0019  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000457869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000472118  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5678  tRNA-Met  96.1 
 
 		 79 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000761498  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0012  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000664581  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0034  tRNA-Met  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0131764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0057  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000630751  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA63  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.779094 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0034  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0865179  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0046  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3990  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000448395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3227  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0186102  normal  0.434912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0036  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.119632  normal  0.136959 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5066  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.126908  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0145  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000566193  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3226  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0172509  normal  0.439997 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0121  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000952956  decreased coverage  0.0000866797 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>