72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3448 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3448  LSR2-like protein  100 
 
 		 109 aa  223  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.326463  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1860  LSR2-like protein  86.36 
 
 		 110 aa  189  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1178  iron-regulated LSR2 protein precursor  61.95 
 
 		 111 aa  128  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2972  iron-regulated LSR2 protein precursor  61.95 
 
 		 111 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0730  putative Lsr2-like protein  55.05 
 
 		 109 aa  117  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4562  LSR2-like protein  54.63 
 
 		 109 aa  111  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.282201 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1647  iron-regulated LSR2 protein precursor  51.38 
 
 		 108 aa  102  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214111  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0602  LSR2-like protein  49.57 
 
 		 114 aa  96.7  1e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.332934  normal  0.0508474 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0331  Lsr2-like protein  44.95 
 
 		 111 aa  95.5  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2090  hypothetical protein  47.27 
 
 		 109 aa  95.1  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01530  hypothetical protein  48.6 
 
 		 100 aa  92.8  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31950  hypothetical protein  47.75 
 
 		 110 aa  92.4  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0167  Lsr2-like protein  45.37 
 
 		 108 aa  91.7  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0856  hypothetical protein  46.61 
 
 		 119 aa  91.7  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13170  hypothetical protein  50.45 
 
 		 110 aa  90.5  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0662843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4476  hypothetical protein  49.53 
 
 		 106 aa  89.4  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4927  hypothetical protein  51.85 
 
 		 110 aa  89  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3417  hypothetical protein  44.55 
 
 		 111 aa  88.2  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3996  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  44.55 
 
 		 101 aa  87.4  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35520  hypothetical protein  45.05 
 
 		 115 aa  87.4  6e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0788848  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0572  Lsr2 protein  43.86 
 
 		 114 aa  87  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6310  hypothetical protein  42.24 
 
 		 121 aa  86.3  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9149  hypothetical protein  45.87 
 
 		 110 aa  86.7  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0722  hypothetical protein  43.93 
 
 		 111 aa  86.3  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201789  normal  0.688196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2868  putative Lsr2-like protein  43.93 
 
 		 110 aa  84.3  5e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2977  putative Lsr2-like protein  43.81 
 
 		 111 aa  83.2  0.000000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0638  protein lsr2 precursor  44 
 
 		 117 aa  82  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2975  hypothetical protein  43.59 
 
 		 111 aa  80.1  0.000000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0578  hypothetical protein  42.74 
 
 		 121 aa  80.1  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0904277  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17040  hypothetical protein  41.32 
 
 		 121 aa  80.1  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.482925 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4991  putative Lsr2-like protein  43.75 
 
 		 113 aa  79.7  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.916014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0330  hypothetical protein  43.22 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4546  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  44.64 
 
 		 113 aa  76.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.497826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0218  putative Lsr2-like protein  36.84 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.141946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5649  hypothetical protein  43.64 
 
 		 113 aa  75.9  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2877  putative Lsr2-like protein  41.82 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1774  putative Lsr2-like protein  40 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0465  hypothetical protein  44.23 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8373  Lsr2 protein  38.74 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0240  protein lsr2 precursor  41.12 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036159  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0525  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  42.2 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6765  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  41.18 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3498  putative Lsr2-like protein  42.86 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.494087  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1245  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  43.75 
 
 		 113 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49301  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1429  Lsr2  42.02 
 
 		 114 aa  71.2  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5750  hypothetical protein  39.29 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138689  normal  0.477611 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0643  hypothetical protein  39.25 
 
 		 115 aa  70.9  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.458695  normal  0.189817 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24640  hypothetical protein  39.81 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4757  Lsr2  43.86 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212965  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4843  Lsr2  43.86 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.631385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5143  Lsr2  43.86 
 
 		 113 aa  69.3  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12910  hypothetical protein  41.23 
 
 		 109 aa  69.3  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0677059  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2248  hypothetical protein  38.39 
 
 		 114 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.262932  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5359  Lsr2  44.64 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2105  hypothetical protein  40 
 
 		 112 aa  68.6  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0972155  normal  0.454752 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4514  hypothetical protein  39.09 
 
 		 109 aa  67.8  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2670  hypothetical protein  36.61 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000070834  normal  0.0381923 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10230  hypothetical protein  53.12 
 
 		 175 aa  65.5  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.837765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4553  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  43.88 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2426  hypothetical protein  36.94 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000395226  normal  0.0109582 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3128  hypothetical protein  36.28 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000153902 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5452  Lsr2  40.62 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2925  hypothetical protein  36.28 
 
 		 116 aa  63.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.150841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13630  iron-regulated lsr2 protein precursor  43.24 
 
 		 112 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.5800500000000003e-77  normal  0.0370238 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4276  hypothetical protein  38.46 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.237539 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4710  hypothetical protein  36.61 
 
 		 116 aa  61.6  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4419  normal  0.0103899 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3406  hypothetical protein  33.9 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2237  hypothetical protein  33.94 
 
 		 194 aa  57  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0771  hypothetical protein  36.52 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1058  hypothetical protein  27.83 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4175  hypothetical protein  28.69 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.28 
 
 		 547 aa  43.5  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>