80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3498 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3498  putative Lsr2-like protein  100 
 
 		 113 aa  224  4e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.494087  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1245  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  98.23 
 
 		 113 aa  220  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49301  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4546  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  89.38 
 
 		 113 aa  171  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.497826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0525  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  85.84 
 
 		 113 aa  164  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6765  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  81.42 
 
 		 113 aa  157  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4553  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  76.53 
 
 		 114 aa  146  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35520  hypothetical protein  58.41 
 
 		 115 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0788848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0722  hypothetical protein  59.48 
 
 		 111 aa  122  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201789  normal  0.688196 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0578  hypothetical protein  52.89 
 
 		 121 aa  119  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0904277  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2977  putative Lsr2-like protein  55.05 
 
 		 111 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0856  hypothetical protein  52.85 
 
 		 119 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2925  hypothetical protein  52.59 
 
 		 116 aa  114  6e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.150841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17040  hypothetical protein  50 
 
 		 121 aa  114  6e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.482925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0330  hypothetical protein  55.65 
 
 		 116 aa  113  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3128  hypothetical protein  51.28 
 
 		 116 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000153902 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31950  hypothetical protein  55.75 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9149  hypothetical protein  55.75 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4991  putative Lsr2-like protein  54.87 
 
 		 113 aa  110  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.916014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0572  Lsr2 protein  52.54 
 
 		 114 aa  110  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2868  putative Lsr2-like protein  51.75 
 
 		 110 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0331  Lsr2-like protein  54.39 
 
 		 111 aa  110  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0167  Lsr2-like protein  53.04 
 
 		 108 aa  107  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3417  hypothetical protein  51.33 
 
 		 111 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2877  putative Lsr2-like protein  51.33 
 
 		 111 aa  106  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12910  hypothetical protein  55.75 
 
 		 109 aa  104  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0677059  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5649  hypothetical protein  50.44 
 
 		 113 aa  103  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4476  hypothetical protein  53.1 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5750  hypothetical protein  48.67 
 
 		 113 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138689  normal  0.477611 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0240  protein lsr2 precursor  49.55 
 
 		 111 aa  101  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036159  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24640  hypothetical protein  48.67 
 
 		 118 aa  101  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4927  hypothetical protein  50 
 
 		 110 aa  100  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2248  hypothetical protein  48.65 
 
 		 114 aa  100  8e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.262932  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0730  putative Lsr2-like protein  51.38 
 
 		 109 aa  99.4  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4562  LSR2-like protein  50 
 
 		 109 aa  99  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.282201 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0465  hypothetical protein  45.13 
 
 		 108 aa  98.6  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0218  putative Lsr2-like protein  41.79 
 
 		 134 aa  98.6  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.141946 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2975  hypothetical protein  46.96 
 
 		 111 aa  98.2  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5143  Lsr2  52.14 
 
 		 113 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4757  Lsr2  52.14 
 
 		 113 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212965  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3406  hypothetical protein  47.06 
 
 		 109 aa  97.8  5e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3996  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  49.07 
 
 		 101 aa  97.8  5e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4843  Lsr2  52.14 
 
 		 113 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.631385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2090  hypothetical protein  50.44 
 
 		 109 aa  97.4  6e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2105  hypothetical protein  50.88 
 
 		 112 aa  97.1  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0972155  normal  0.454752 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0643  hypothetical protein  46.09 
 
 		 115 aa  96.3  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.458695  normal  0.189817 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1647  iron-regulated LSR2 protein precursor  48.21 
 
 		 108 aa  95.5  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214111  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6310  hypothetical protein  50 
 
 		 121 aa  94.7  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1860  LSR2-like protein  48.62 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1774  putative Lsr2-like protein  47.75 
 
 		 107 aa  94.7  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0638  protein lsr2 precursor  49.57 
 
 		 117 aa  94  6e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0602  LSR2-like protein  44.64 
 
 		 114 aa  91.3  4e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.332934  normal  0.0508474 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1429  Lsr2  51.33 
 
 		 114 aa  90.9  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2972  iron-regulated LSR2 protein precursor  47.32 
 
 		 111 aa  90.5  7e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01530  hypothetical protein  44.95 
 
 		 100 aa  90.1  9e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3448  LSR2-like protein  46.79 
 
 		 109 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.326463  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1178  iron-regulated LSR2 protein precursor  46.43 
 
 		 111 aa  88.6  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4710  hypothetical protein  47.27 
 
 		 116 aa  88.2  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4419  normal  0.0103899 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5359  Lsr2  51.3 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2670  hypothetical protein  40.52 
 
 		 113 aa  85.5  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000070834  normal  0.0381923 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13630  iron-regulated lsr2 protein precursor  53.91 
 
 		 112 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.5800500000000003e-77  normal  0.0370238 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2426  hypothetical protein  41.23 
 
 		 112 aa  84.3  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000395226  normal  0.0109582 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8373  Lsr2 protein  43.22 
 
 		 112 aa  84.3  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4276  hypothetical protein  45.45 
 
 		 134 aa  84  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.237539 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5452  Lsr2  43.24 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4514  hypothetical protein  40.71 
 
 		 109 aa  81.6  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2237  hypothetical protein  38.74 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1058  hypothetical protein  36.52 
 
 		 123 aa  70.1  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4175  hypothetical protein  36.07 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0771  hypothetical protein  35.96 
 
 		 120 aa  66.6  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13170  hypothetical protein  41.44 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0662843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10230  hypothetical protein  46.67 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.837765 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  62.5 
 
 		 1277 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  35.96 
 
 		 1575 aa  47.4  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.85 
 
 		 547 aa  46.2  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2611  hypothetical protein  40.62 
 
 		 61 aa  45.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1989  hypothetical protein  56.67 
 
 		 1348 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.49043 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6389  hypothetical protein  39.13 
 
 		 264 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5189  ERCC4 domain-containing protein  51.52 
 
 		 325 aa  40.8  0.006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2880  ERCC4 domain protein  56.67 
 
 		 322 aa  40.4  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00644974  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5359  cyclic nucleotide-binding protein  48.48 
 
 		 321 aa  40.4  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>