81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0578 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0578  hypothetical protein  100 
 
 
121 aa  244  3e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0904277  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0722  hypothetical protein  57.85 
 
 
111 aa  134  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201789  normal  0.688196 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31950  hypothetical protein  53.72 
 
 
110 aa  124  5e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0643  hypothetical protein  56.2 
 
 
115 aa  123  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.458695  normal  0.189817 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2975  hypothetical protein  52.38 
 
 
111 aa  120  7e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35520  hypothetical protein  53.85 
 
 
115 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0788848  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2090  hypothetical protein  52.07 
 
 
109 aa  111  3e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0465  hypothetical protein  48.76 
 
 
108 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0856  hypothetical protein  50.41 
 
 
119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24640  hypothetical protein  47.11 
 
 
118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17040  hypothetical protein  49.18 
 
 
121 aa  108  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.482925 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0331  Lsr2-like protein  47.93 
 
 
111 aa  107  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0167  Lsr2-like protein  47.54 
 
 
108 aa  106  8.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3417  hypothetical protein  45.45 
 
 
111 aa  101  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2977  putative Lsr2-like protein  46.15 
 
 
111 aa  100  9e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4991  putative Lsr2-like protein  47.06 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.916014  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0638  protein lsr2 precursor  45.9 
 
 
117 aa  98.6  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4546  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  46.28 
 
 
113 aa  98.2  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.497826  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0525  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  47.58 
 
 
113 aa  97.4  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4476  hypothetical protein  43.8 
 
 
106 aa  96.3  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0330  hypothetical protein  46.15 
 
 
116 aa  95.9  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0572  Lsr2 protein  45.53 
 
 
114 aa  95.9  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3498  putative Lsr2-like protein  45.45 
 
 
113 aa  96.7  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.494087  normal  0.552399 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1245  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  50.41 
 
 
113 aa  95.9  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49301  hitchhiker  0.00622899 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01530  hypothetical protein  41.67 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6765  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  45.97 
 
 
113 aa  95.5  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2877  putative Lsr2-like protein  42.98 
 
 
111 aa  94  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3128  hypothetical protein  46.34 
 
 
116 aa  93.6  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000153902 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4562  LSR2-like protein  44.26 
 
 
109 aa  93.6  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.282201 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1774  putative Lsr2-like protein  43.59 
 
 
107 aa  92.8  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2868  putative Lsr2-like protein  39.52 
 
 
110 aa  92  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9149  hypothetical protein  39.67 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2925  hypothetical protein  43.44 
 
 
116 aa  90.5  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.150841  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6310  hypothetical protein  42.37 
 
 
121 aa  88.6  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2248  hypothetical protein  38.33 
 
 
114 aa  88.6  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.262932  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5649  hypothetical protein  40.5 
 
 
113 aa  87.4  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5750  hypothetical protein  38.52 
 
 
113 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138689  normal  0.477611 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2105  hypothetical protein  38.98 
 
 
112 aa  85.1  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0972155  normal  0.454752 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12910  hypothetical protein  41.32 
 
 
109 aa  84.7  4e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0677059  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0240  protein lsr2 precursor  42.28 
 
 
111 aa  84.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036159  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1647  iron-regulated LSR2 protein precursor  42.74 
 
 
108 aa  84.3  5e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214111  normal  0.119356 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4514  hypothetical protein  40.5 
 
 
109 aa  83.2  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0218  putative Lsr2-like protein  38.06 
 
 
134 aa  82  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.141946 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4757  Lsr2  42.37 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212965  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4843  Lsr2  42.37 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.631385  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5143  Lsr2  42.37 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1860  LSR2-like protein  40.17 
 
 
110 aa  80.1  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3448  LSR2-like protein  42.74 
 
 
109 aa  80.1  0.000000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.326463  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4710  hypothetical protein  39.32 
 
 
116 aa  79  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4419  normal  0.0103899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1429  Lsr2  45.76 
 
 
114 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8373  Lsr2 protein  36.8 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5359  Lsr2  44.92 
 
 
135 aa  78.2  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4927  hypothetical protein  42.5 
 
 
110 aa  77  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5452  Lsr2  39.02 
 
 
110 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0602  LSR2-like protein  40.98 
 
 
114 aa  75.9  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.332934  normal  0.0508474 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4553  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  44.04 
 
 
114 aa  75.1  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3996  putative lysyl tRNA synthetase-like protein  37.84 
 
 
101 aa  75.5  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2426  hypothetical protein  38.52 
 
 
112 aa  74.7  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000395226  normal  0.0109582 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3406  hypothetical protein  37.4 
 
 
109 aa  74.3  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1178  iron-regulated LSR2 protein precursor  40.34 
 
 
111 aa  73.9  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4276  hypothetical protein  37.61 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.237539 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0730  putative Lsr2-like protein  41.03 
 
 
109 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2972  iron-regulated LSR2 protein precursor  40.34 
 
 
111 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13630  iron-regulated lsr2 protein precursor  44.07 
 
 
112 aa  72  0.000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.5800500000000003e-77  normal  0.0370238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2237  hypothetical protein  37.82 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2670  hypothetical protein  34.15 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000070834  normal  0.0381923 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13170  hypothetical protein  50.88 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0662843  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10230  hypothetical protein  46.67 
 
 
175 aa  58.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.837765 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1058  hypothetical protein  32.54 
 
 
123 aa  56.6  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.12 
 
 
547 aa  53.9  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0771  hypothetical protein  33.88 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1989  hypothetical protein  65.71 
 
 
1348 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.49043 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4175  hypothetical protein  31.25 
 
 
122 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1574  superfamily I DNA/RNA helicase  39.34 
 
 
1575 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.173807  normal  0.305759 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2880  ERCC4 domain protein  57.58 
 
 
322 aa  44.7  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00644974  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12549  hypothetical protein  48.65 
 
 
463 aa  42.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0306994 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5189  ERCC4 domain-containing protein  51.28 
 
 
325 aa  42  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2437  hypothetical protein  56.67 
 
 
1277 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.250503  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6389  hypothetical protein  51.28 
 
 
264 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.940328  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5359  cyclic nucleotide-binding protein  42.55 
 
 
321 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2611  hypothetical protein  36.11 
 
 
61 aa  40.4  0.009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>