44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1133 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1133  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  100 
 
 		 243 aa  497  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000171522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0110  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  49.54 
 
 		 242 aa  195  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0667  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  50 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000588862  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0582  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  43.07 
 
 		 270 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00229722 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0317  hypothetical protein  47.52 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.309994  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0569  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  48.51 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1481  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  40.09 
 
 		 258 aa  155  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462109 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0029  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  49.26 
 
 		 256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00147901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0887  hypothetical protein  35.96 
 
 		 271 aa  136  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0883  hypothetical protein  35.84 
 
 		 270 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0837  hypothetical protein  36 
 
 		 270 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0709  hypothetical protein  34.69 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3669  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  34.57 
 
 		 237 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1103  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  48.08 
 
 		 133 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179388  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2522  hypothetical protein  42.11 
 
 		 126 aa  87  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.963067  normal  0.122207 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3155  hypothetical protein  53.33 
 
 		 226 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2333  hypothetical protein  36.96 
 
 		 121 aa  74.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3153  hypothetical protein  52.05 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1137  hypothetical protein  50 
 
 		 332 aa  72  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1370  hypothetical protein  44.59 
 
 		 139 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000915569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3363  hypothetical protein  47.14 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.486225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0898  hypothetical protein  47.14 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0872  putative lipoprotein  44.93 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1172  putative lipoprotein  44.29 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000330219  normal  0.0707527 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3058  lipoprotein, putative  39.24 
 
 		 155 aa  53.5  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000637333  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0899  hypothetical protein  34.33 
 
 		 283 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202304  normal  0.941783 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1362  hypothetical protein  34.74 
 
 		 126 aa  52  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0467517  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1110  NrfJ-related protein  40.3 
 
 		 100 aa  52  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.792546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2163  hypothetical protein  37.5 
 
 		 110 aa  51.6  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3052  peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S  38.81 
 
 		 772 aa  51.6  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00233494  normal  0.413301 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1283  NrfJ-related protein  41.79 
 
 		 100 aa  50.8  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.743301  normal  0.565826 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1424  NrfJ-related protein  37.65 
 
 		 100 aa  50.1  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.234475 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1218  NrfJ-related protein  38.81 
 
 		 100 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.862525 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1217  NrfJ-related protein  38.81 
 
 		 100 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1288  NrfJ-related protein  38.81 
 
 		 100 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00755568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1537  NrfJ-related protein  37.31 
 
 		 100 aa  48.9  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.268239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3325  nrfJ-related protein  38.81 
 
 		 100 aa  48.9  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2667  NrfJ-related protein  35.29 
 
 		 100 aa  48.5  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00860541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1297  NrfJ-related protein  38.81 
 
 		 100 aa  48.5  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3001  NrfJ-related protein  35.29 
 
 		 100 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3016  NrfJ-related protein  35.29 
 
 		 100 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3159  NrfJ-related protein  35.29 
 
 		 100 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875441  hitchhiker  0.00595197 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1362  NrfJ-related protein  35.82 
 
 		 100 aa  45.8  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155395 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2532  hypothetical protein  30.48 
 
 		 97 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>