45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0029 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0029  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  100 
 
 
256 aa  506  9.999999999999999e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00147901  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0110  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  59.11 
 
 
242 aa  246  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245323  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0317  hypothetical protein  56.59 
 
 
243 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.309994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0667  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  48.35 
 
 
274 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000588862  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1481  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  45.9 
 
 
258 aa  189  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462109 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1133  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  44.62 
 
 
243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000171522  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0582  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  43.73 
 
 
270 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00229722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0569  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  42.76 
 
 
277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3669  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  40.69 
 
 
237 aa  126  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0709  hypothetical protein  34.48 
 
 
216 aa  123  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1103  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  48.54 
 
 
133 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179388  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0887  hypothetical protein  51.89 
 
 
271 aa  102  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0883  hypothetical protein  52.38 
 
 
270 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0899  hypothetical protein  48.57 
 
 
283 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202304  normal  0.941783 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2522  hypothetical protein  45.16 
 
 
126 aa  85.9  6e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.963067  normal  0.122207 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3153  hypothetical protein  52.94 
 
 
363 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1137  hypothetical protein  51.39 
 
 
332 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3155  hypothetical protein  40.16 
 
 
226 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1370  hypothetical protein  40.37 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000915569  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2333  hypothetical protein  39.13 
 
 
121 aa  72.4  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3363  hypothetical protein  36.09 
 
 
135 aa  72  0.000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.486225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0898  hypothetical protein  43.9 
 
 
135 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1297  NrfJ-related protein  43.48 
 
 
100 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0872  putative lipoprotein  44.93 
 
 
155 aa  65.9  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1172  putative lipoprotein  44.93 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000330219  normal  0.0707527 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1424  NrfJ-related protein  40.66 
 
 
100 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.234475 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1110  NrfJ-related protein  50 
 
 
100 aa  64.7  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.792546  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1537  NrfJ-related protein  35.96 
 
 
100 aa  62.4  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.268239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1283  NrfJ-related protein  45.95 
 
 
100 aa  62  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.743301  normal  0.565826 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3016  NrfJ-related protein  43.84 
 
 
100 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1362  NrfJ-related protein  43.84 
 
 
100 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155395 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2667  NrfJ-related protein  44.62 
 
 
100 aa  58.9  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00860541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3159  NrfJ-related protein  43.84 
 
 
100 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875441  hitchhiker  0.00595197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3001  NrfJ-related protein  43.84 
 
 
100 aa  58.9  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1218  NrfJ-related protein  43.08 
 
 
100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.862525 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1288  NrfJ-related protein  43.08 
 
 
100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00755568  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1217  NrfJ-related protein  43.08 
 
 
100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105717  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3325  nrfJ-related protein  43.08 
 
 
100 aa  56.6  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1362  hypothetical protein  37.31 
 
 
126 aa  54.7  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0467517  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3052  peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S  36.23 
 
 
772 aa  54.7  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00233494  normal  0.413301 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0837  hypothetical protein  40 
 
 
270 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2163  hypothetical protein  35.21 
 
 
110 aa  53.1  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2637  putative lipoprotein  32.65 
 
 
152 aa  52.4  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3058  lipoprotein, putative  28.57 
 
 
155 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000637333  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2532  hypothetical protein  32.14 
 
 
97 aa  45.8  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>