60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2102 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2102  hypothetical protein  100 
 
 		 485 aa  1000    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.196887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1260  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  50.1 
 
 		 719 aa  463  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.481233  normal  0.398811 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4042  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.25 
 
 		 710 aa  131  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.693121 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2068  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  24.09 
 
 		 999 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0959  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.69 
 
 		 1039 aa  67.4  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.524193  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0826  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.08 
 
 		 1050 aa  67  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.927537  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  44.74 
 
 		 528 aa  65.5  0.000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4205  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.91 
 
 		 661 aa  60.1  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188789  normal  0.0659615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2779  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.51 
 
 		 622 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.787774  normal  0.393495 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.84 
 
 		 611 aa  57.8  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  28.39 
 
 		 531 aa  57.8  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1021  adenine specific DNA methyltransferase  35.35 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  30.5 
 
 		 526 aa  56.6  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.08 
 
 		 586 aa  56.6  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.73 
 
 		 658 aa  56.2  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1463  adenine specific DNA methylase Mod-like protein  38.16 
 
 		 633 aa  55.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.13 
 
 		 1055 aa  54.7  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1840  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30 
 
 		 1019 aa  54.3  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0364  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.34 
 
 		 637 aa  54.3  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000437677 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0062  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30 
 
 		 1019 aa  54.3  0.000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.218127  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0397  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.73 
 
 		 1028 aa  54.3  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00293449 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.5 
 
 		 632 aa  54.3  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4240  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  42.19 
 
 		 657 aa  53.9  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  27.39 
 
 		 571 aa  53.9  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.93 
 
 		 660 aa  53.5  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  31.85 
 
 		 636 aa  53.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0534  DNA methylase  43.33 
 
 		 360 aa  52  0.00002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0447789  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.31 
 
 		 632 aa  52.4  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4001  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.76 
 
 		 520 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.16 
 
 		 392 aa  51.2  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.3 
 
 		 648 aa  51.2  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4904  N4/N6-methyltransferase family protein  44.44 
 
 		 1040 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.658462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.13 
 
 		 626 aa  50.8  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.94 
 
 		 643 aa  50.8  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0224  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.9 
 
 		 656 aa  50.4  0.00008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000113178 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  35.06 
 
 		 657 aa  49.7  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  34.12 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1539  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.71 
 
 		 1077 aa  49.3  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648492 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.66 
 
 		 1073 aa  48.9  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  34.12 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.2 
 
 		 624 aa  49.3  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  34.12 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  34.12 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  34.12 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.48 
 
 		 646 aa  48.9  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  36.56 
 
 		 610 aa  48.5  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  29.41 
 
 		 543 aa  48.5  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.98 
 
 		 664 aa  47  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05370  adenine specific DNA methylase Mod  37.29 
 
 		 646 aa  46.6  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.72 
 
 		 542 aa  46.6  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  40.26 
 
 		 683 aa  46.2  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  29.76 
 
 		 559 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  39.66 
 
 		 428 aa  45.8  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4077  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.03 
 
 		 635 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.78 
 
 		 477 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  32.1 
 
 		 643 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.37 
 
 		 651 aa  44.7  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.05 
 
 		 571 aa  44.3  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33 
 
 		 624 aa  43.9  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2487  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.5 
 
 		 658 aa  43.5  0.009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.661764  normal  0.0354295 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>