177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6955 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6955  putative radical activating enzyme  100 
 
 
229 aa  448  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1110  putative radical activating enzyme  34.44 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0318169  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7072  radical SAM domain-containing protein  35 
 
 
214 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.707686  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6412  radical SAM domain-containing protein  35 
 
 
214 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5699  organic radical activating enzyme family protein  35.38 
 
 
214 aa  104  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.173634  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2529  putative radical activating enzyme  36.13 
 
 
212 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.940841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2694  putative radical activating enzyme  28.57 
 
 
194 aa  90.9  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28910  putative radical activating enzyme  35.6 
 
 
212 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.57089  hitchhiker  0.000000412693 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03520  hypothetical protein  28.5 
 
 
212 aa  90.1  3e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.399946  normal  0.740791 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5283  Radical SAM domain-containing protein  40.34 
 
 
184 aa  81.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1943  hypothetical protein  33.92 
 
 
220 aa  75.9  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16515  normal  0.237539 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0790  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  34.29 
 
 
156 aa  70.5  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0350  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.24 
 
 
170 aa  68.2  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3589  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.74 
 
 
163 aa  67.8  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0694  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  35.97 
 
 
168 aa  67.8  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000108  ribonucleotide reductase of class III (anaerobic) activating protein  32.89 
 
 
156 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31711  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2448  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  32.05 
 
 
157 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000191656 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4490  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.76 
 
 
154 aa  67  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04105  anaerobic ribonucleotide reductase activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2826  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.67 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4807  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0524  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  33.11 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04069  hypothetical protein  31.76 
 
 
154 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2512  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.67 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3757  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4717  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5756  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4847  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.76 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1547  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  34.03 
 
 
165 aa  64.3  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0130747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3774  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  31.08 
 
 
154 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6431  Radical SAM domain protein  32.24 
 
 
189 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4241  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.17 
 
 
200 aa  62  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.458489  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1417  organic radical activating enzyme family protein  31.88 
 
 
177 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2442  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  33.12 
 
 
155 aa  62  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.987068  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0703  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.34 
 
 
169 aa  62  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000608251  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4702  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.41 
 
 
154 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.875088 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4852  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.41 
 
 
154 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4831  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.41 
 
 
154 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1055  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  31.25 
 
 
171 aa  60.8  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4733  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.41 
 
 
154 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532083  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4797  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.41 
 
 
154 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1019  putative anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.64 
 
 
207 aa  60.1  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0741  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  32.86 
 
 
155 aa  59.7  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2570  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  31.55 
 
 
181 aa  59.3  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3557  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  32.14 
 
 
144 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4034  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  32.14 
 
 
144 aa  59.3  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1666  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.67 
 
 
165 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1072  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.99 
 
 
162 aa  58.9  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0436  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  32.61 
 
 
154 aa  58.9  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1601  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  33.11 
 
 
154 aa  58.9  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2618  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  31.21 
 
 
154 aa  58.5  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0416  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.67 
 
 
154 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1467  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.87 
 
 
155 aa  57.8  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257312  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1651  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.67 
 
 
165 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.74211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1688  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.67 
 
 
165 aa  57.8  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.097127  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1083  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.77 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.704189  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0975  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.77 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462536  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1068  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.77 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.763935 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0049  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase activating protein  30.5 
 
 
177 aa  57.4  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.887207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.46 
 
 
238 aa  57.4  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3581  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.33 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2251  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.07 
 
 
150 aa  57  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000659535  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1034  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.77 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.633483  normal  0.712061 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1003  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.77 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2692  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30 
 
 
165 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000924954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00906  pyruvate formate lyase activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.84876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2741  pyruvate formate-lyase activating enzyme  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1063  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2426  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.11 
 
 
255 aa  57  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0764987  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2219  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.542279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0359  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  29.33 
 
 
154 aa  56.6  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00913  hypothetical protein  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.880778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1008  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.312248  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2679  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.58 
 
 
265 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2694  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3048  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30 
 
 
156 aa  56.2  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185473  normal  0.0830506 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0980  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
265 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1493  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0621061  normal  0.601453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1560  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  55.8  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0861855  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1316  ribonucleoside-triphosphate reductase class III activase subunit  27.78 
 
 
192 aa  55.8  0.0000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2591  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
244 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1618  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
244 aa  55.8  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344326  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2913  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  55.5  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1554  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  55.8  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.202343 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  33.63 
 
 
247 aa  55.5  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1996  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.99 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0446  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  29.33 
 
 
155 aa  55.5  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1728  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.99 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1422  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.29 
 
 
246 aa  55.1  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  31.03 
 
 
240 aa  55.1  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1701  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  27.61 
 
 
246 aa  55.1  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.276107 
 
 
-
 
NC_002950  PG1259  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.58 
 
 
163 aa  54.7  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1124  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.17 
 
 
235 aa  54.7  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1147  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.29 
 
 
246 aa  54.3  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.223371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2510  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30 
 
 
153 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615598 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1541  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  29.33 
 
 
153 aa  54.3  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  36.47 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2346  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.99 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3289  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  26.76 
 
 
150 aa  54.3  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019683  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  23.16 
 
 
246 aa  53.1  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal 
 
 
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