125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_03520 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_03520  hypothetical protein  100 
 
 
212 aa  433  1e-121  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.399946  normal  0.740791 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6412  radical SAM domain-containing protein  32.85 
 
 
214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7072  radical SAM domain-containing protein  32.85 
 
 
214 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.707686  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2529  putative radical activating enzyme  34.92 
 
 
212 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.940841  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5699  organic radical activating enzyme family protein  33.66 
 
 
214 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.173634  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28910  putative radical activating enzyme  34.39 
 
 
212 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.57089  hitchhiker  0.000000412693 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1943  hypothetical protein  31.91 
 
 
220 aa  97.1  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16515  normal  0.237539 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1110  putative radical activating enzyme  29.1 
 
 
242 aa  92  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0318169  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2694  putative radical activating enzyme  25.79 
 
 
194 aa  91.3  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6955  putative radical activating enzyme  28.5 
 
 
229 aa  90.1  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1019  putative anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.23 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6431  Radical SAM domain protein  31.21 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5283  Radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 
184 aa  73.2  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14950  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  29.63 
 
 
201 aa  68.9  0.00000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32642  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4772  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.41 
 
 
217 aa  68.6  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.562953  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4633  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.05 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0639295 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0207  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.81 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.911431  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04770  ribonucleoside-triphosphate reductase class III activase subunit  28.78 
 
 
179 aa  67  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0269333  normal  0.584897 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2045  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.94 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0350  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.94 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4241  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  26.98 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.458489  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1276  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  29.53 
 
 
165 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130681 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4602  radical SAM domain-containing protein  31.25 
 
 
206 aa  65.1  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.394928  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0126  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  34.71 
 
 
179 aa  64.3  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2299  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32 
 
 
213 aa  63.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1547  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.29 
 
 
165 aa  63.2  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0130747  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3589  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.32 
 
 
163 aa  62.8  0.000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0524  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.79 
 
 
154 aa  60.1  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1072  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.82 
 
 
162 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1232  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.1 
 
 
201 aa  59.3  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2826  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.57 
 
 
169 aa  58.9  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2512  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  29.41 
 
 
169 aa  58.5  0.00000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2570  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.61 
 
 
181 aa  58.5  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2440  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.47 
 
 
153 aa  58.2  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000701821 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2510  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.47 
 
 
153 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00615598 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4490  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.83 
 
 
154 aa  58.2  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0703  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  32.8 
 
 
169 aa  58.2  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000000608251  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04105  anaerobic ribonucleotide reductase activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2602  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  27.78 
 
 
153 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000860933 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4807  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04069  hypothetical protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3757  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1259  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  26.45 
 
 
163 aa  57  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1541  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  29.17 
 
 
153 aa  57  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3774  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4717  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4847  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4797  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.23 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4852  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.23 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4702  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.23 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.875088 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4733  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.23 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4831  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.23 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5756  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.4 
 
 
154 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0446  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  27.13 
 
 
155 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2618  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30 
 
 
154 aa  56.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2833  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  27.78 
 
 
153 aa  55.8  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  30.91 
 
 
238 aa  55.5  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3048  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.77 
 
 
156 aa  55.5  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185473  normal  0.0830506 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1055  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  30.26 
 
 
171 aa  55.5  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1123  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.37 
 
 
180 aa  54.3  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2442  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  30.83 
 
 
155 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.987068  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3557  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.35 
 
 
144 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1601  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  28.79 
 
 
154 aa  54.3  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4034  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.35 
 
 
144 aa  54.3  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1420  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  27.64 
 
 
157 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0436  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.61 
 
 
154 aa  53.9  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1879  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
191 aa  53.9  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2448  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  27.56 
 
 
157 aa  53.1  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000191656 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0694  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.58 
 
 
168 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3581  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.56 
 
 
154 aa  53.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0278  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  28.43 
 
 
217 aa  52.4  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3749  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.62 
 
 
154 aa  52.4  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.94364  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3048  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  26.85 
 
 
177 aa  52  0.000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2692  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.19 
 
 
165 aa  52  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000924954 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1467  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  26.19 
 
 
155 aa  51.6  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.257312  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1417  organic radical activating enzyme family protein  25.44 
 
 
177 aa  51.6  0.000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1651  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.4 
 
 
165 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.74211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1688  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.4 
 
 
165 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.097127  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21490  ribonucleoside-triphosphate reductase class III activase subunit  29.2 
 
 
193 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02430  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  27.34 
 
 
182 aa  50.1  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.289512  normal  0.345369 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1666  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.4 
 
 
165 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1877  anaerobic ribonucleoside triphosphate reductase activating protein  27.07 
 
 
155 aa  50.8  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00366305  normal  0.0782678 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0605  hypothetical protein  29.59 
 
 
176 aa  50.1  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.851295  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2082  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  25.58 
 
 
205 aa  49.7  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1357  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.27 
 
 
235 aa  49.3  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1170  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.27 
 
 
235 aa  49.3  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.763287  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0416  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  23.85 
 
 
154 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1945  anaerobic ribonucleotide reductase activator  24.58 
 
 
201 aa  48.5  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1000  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.39 
 
 
166 aa  48.5  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0038  pyruvate formate-lyase activating enzyme  40 
 
 
229 aa  48.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0359  anaerobic ribonucleotide reductase-activating protein  25.95 
 
 
154 aa  48.1  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000108  ribonucleotide reductase of class III (anaerobic) activating protein  25.95 
 
 
156 aa  47  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.31711  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  32.1 
 
 
247 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1930  Organic radical activating enzyme  26.56 
 
 
242 aa  46.6  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1073  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  33.85 
 
 
171 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3308  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  30.67 
 
 
246 aa  45.8  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.760643  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2474  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.06 
 
 
245 aa  44.3  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1124  anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase activating protein  24.8 
 
 
235 aa  44.3  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2391  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.29 
 
 
246 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.227753  normal  0.208715 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2884  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  35.29 
 
 
246 aa  44.7  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00506631  hitchhiker  0.00000444162 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>