98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2382 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2382  chorismate lyase  100 
 
 		 197 aa  393  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2262  chorismate lyase  98.48 
 
 		 197 aa  386  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.252501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2367  chorismate lyase  94.74 
 
 		 198 aa  360  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2346  chorismate lyase  94.21 
 
 		 198 aa  357  9e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1734  chorismate lyase  94.21 
 
 		 198 aa  357  9e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5685  chorismate lyase  92.97 
 
 		 198 aa  347  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0933  chorismate lyase  93.16 
 
 		 204 aa  345  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0956  chorismate lyase family protein  80.95 
 
 		 200 aa  298  3e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0858  chorismate lyase family protein  77.08 
 
 		 201 aa  288  2e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1168  chorismate--pyruvate lyase  77.78 
 
 		 200 aa  287  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0290  chorismate lyase family protein  77.78 
 
 		 200 aa  287  9e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1006  chorismate lyase family protein  77.78 
 
 		 200 aa  287  9e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.998133  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1319  chorismate lyase family protein  77.78 
 
 		 200 aa  287  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1159  chorismate--pyruvate lyase  77.66 
 
 		 197 aa  285  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1946  chorismate lyase family protein  77.66 
 
 		 197 aa  285  2.9999999999999996e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.201779  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1221  Chorismate lyase  71.43 
 
 		 227 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3325  chorismate lyase  70.88 
 
 		 227 aa  248  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2111  chorismate lyase  71.12 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.184267 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0464  chorismate lyase  45.86 
 
 		 187 aa  106  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0710  chorismate lyase  34.86 
 
 		 185 aa  97.8  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00949148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3058  chorismate lyase  39.13 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0224011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2612  chorismate lyase  32.28 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0053  chorismate lyase  35.22 
 
 		 178 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.147887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2859  chorismate lyase  35.15 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1215  chorismate lyase superfamily protein  31.43 
 
 		 184 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0966  chorismate lyase  40.79 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0938345  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0095  chorismate lyase  32.12 
 
 		 189 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.179441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3594  chorismate lyase  34.16 
 
 		 188 aa  74.7  0.0000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0157  chorismate lyase  36.87 
 
 		 185 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.426591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0823  Chorismate lyase  38.71 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5225  chorismate lyase  36.22 
 
 		 185 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.318873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5317  chorismate lyase  36.22 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0226154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0048  chorismate lyase  31.64 
 
 		 204 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3015  chorismate lyase  34.59 
 
 		 197 aa  72  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651165  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0125  putative chorismate--pyruvate lyase  31.74 
 
 		 191 aa  72  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3024  Chorismate lyase  35.56 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5364  chorismate lyase  35.68 
 
 		 185 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327053 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2780  hypothetical protein  37.34 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.176082 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4826  chorismate lyase  32.69 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48500  Chorismate lyase  37.5 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3252  chorismate lyase  35 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000207582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2154  chorismate lyase  29.19 
 
 		 185 aa  68.2  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70720  hypothetical protein  36.48 
 
 		 178 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3623  putative chorismate--pyruvate lyase  38.75 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.146311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5603  chorismate lyase  35.29 
 
 		 183 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4398  chorismate lyase  31.79 
 
 		 186 aa  66.6  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2614  Chorismate lyase  33.91 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.815616 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2049  chorismate--pyruvate lyase  26.7 
 
 		 185 aa  65.5  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6134  hypothetical protein  37.11 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0141  putative chorismate--pyruvate lyase  26.7 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.52164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5030  chorismate lyase  37.58 
 
 		 186 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.328849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4410  chorismate lyase  33.73 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0608691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5475  chorismate-pyruvate lyase, putative  35.44 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3743  chorismate lyase  31.61 
 
 		 188 aa  62  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.219217  hitchhiker  0.000343394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4431  chorismate lyase  30.13 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000175928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4148  chorismate lyase  31.68 
 
 		 185 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0126  chorismate lyase  30.77 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3468  chorismate lyase  27.78 
 
 		 186 aa  59.7  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.959595 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0131  chorismate pyruvate lyase  31.41 
 
 		 189 aa  58.2  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0658  chorismate lyase  30.95 
 
 		 191 aa  57.8  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4501  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03911  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03871  hypothetical protein  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.835565  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3989  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.342551 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4592  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.65475  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4279  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3251  chorismate lyase  32.35 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4558  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5520  chorismate pyruvate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.272447  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3954  Chorismate lyase  28.21 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0678  chorismate pyruvate lyase  29.35 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3864  chorismate pyruvate lyase  29.35 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3774  chorismate pyruvate lyase  29.35 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4464  chorismate pyruvate lyase  30.38 
 
 		 174 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0243  chorismate pyruvate lyase  27.98 
 
 		 165 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0120  chorismate lyase  28.85 
 
 		 189 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126883 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4425  chorismate pyruvate lyase  29.49 
 
 		 165 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100423 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0125  chorismate lyase  28.85 
 
 		 187 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.145702  decreased coverage  0.0000000241246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0126  chorismate lyase  28.85 
 
 		 190 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000642839 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0130  chorismate lyase  27.22 
 
 		 191 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0129  Chorismate lyase  27.22 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4627  chorismate pyruvate lyase  28.85 
 
 		 165 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270664 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4490  chorismate pyruvate lyase  28.85 
 
 		 165 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232618  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4575  chorismate pyruvate lyase  28.85 
 
 		 165 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4576  chorismate pyruvate lyase  28.85 
 
 		 165 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464602  normal  0.0352552 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4229  chorismate lyase  27.22 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2084  chorismate lyase  32.75 
 
 		 169 aa  50.4  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.133367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0125  chorismate lyase  27.22 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00071  hypothetical chorismate pyruvate lyase  26.92 
 
 		 189 aa  48.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1335  chorismate--pyruvate lyase, putative  31.85 
 
 		 162 aa  48.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2439  chorismate lyase  31.68 
 
 		 182 aa  48.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147403 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0510  chorismate pyruvate lyase  25.32 
 
 		 177 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0729  chorismate pyruvate lyase  26.92 
 
 		 177 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1198  chorismate lyase  44.68 
 
 		 135 aa  45.4  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.465197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0066  chorismate lyase  27.98 
 
 		 192 aa  45.1  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.540538  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2975  4-hydroxybenzoate synthetase  32.18 
 
 		 100 aa  43.9  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.474877  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0289  chorismate lyase  26.61 
 
 		 168 aa  42  0.007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0971  chorismate pyruvate lyase  24.84 
 
 		 171 aa  41.2  0.009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00931015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>