More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0053 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0053  tRNA-Asp  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0061  tRNA-Asp  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.213115  normal  0.210612 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0009  tRNA-Asp  88.24 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0003  tRNA-Asp  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.541849 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0045  tRNA-Asp  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0063  tRNA-Asp  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0058  tRNA-Asp  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0063  tRNA-Asp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.594649  normal  0.0648097 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0057  tRNA-Asp  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0671141  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  93.18 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0054  tRNA-Asp  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0059  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0052  tRNA-Asp  86.76 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0012  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000035701  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0049  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000144265  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0021  tRNA-Asp  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0062  tRNA-Asp  87.1 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749311  normal  0.108854 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0049  tRNA-Asp  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0598225  unclonable  6.706210000000001e-24 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0082  tRNA-Asp  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0031  tRNA-Asp  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00218034  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0004  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155888  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0087  tRNA-Asp  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0036  tRNA-Asp  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000794884 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0054  tRNA-Asp  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000217975  normal  0.910624 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0064  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0066  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0068  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000191021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0158  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0016  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.034253  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0599  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.20991  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0603  tRNA-Asp  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0041  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00163216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0028  tRNA-Asp  90.7 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000351463  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0029  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0027  tRNA-Asp  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0245958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>