18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5960 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5960    100 
 
 		 389 bp  771    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5143  integrase catalytic subunit  84.85 
 
 		 1539 bp  250  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.1652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0339  integrase catalytic subunit  80.3 
 
 		 1548 bp  131  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4274    80.34 
 
 		 1540 bp  99.6  6e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1750  integrase catalytic subunit  83.97 
 
 		 1389 bp  95.6  9e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1742    79.91 
 
 		 1556 bp  91.7  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.812145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3440  integrase catalytic region  84.3 
 
 		 1602 bp  89.7  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.623196  normal  0.257291 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2991  integrase catalytic subunit  86.59 
 
 		 1539 bp  75.8  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2672  integrase catalytic region  86.59 
 
 		 1539 bp  75.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.226674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7482  integrase catalytic region  83.05 
 
 		 576 bp  75.8  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6811    87.67 
 
 		 2852 bp  73.8  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6921    94.87 
 
 		 327 bp  61.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4798  integrase catalytic region  85.71 
 
 		 1539 bp  60  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.285753  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0181  Integrase catalytic region  81.38 
 
 		 1158 bp  58  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1167    85.29 
 
 		 225 bp  56  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.980994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0806  putative transposase IS3/IS911  79.73 
 
 		 1647 bp  56  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.665244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3050  integrase catalytic subunit  91.3 
 
 		 1539 bp  52  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.985644 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7463    84.29 
 
 		 1539 bp  52  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>