50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4596 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0239  hypothetical protein  49.78 
 
 		 894 aa  845    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4596  hypothetical protein  100 
 
 		 893 aa  1826    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6306  hypothetical protein  42.91 
 
 		 888 aa  630  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.990957 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  25.68 
 
 		 819 aa  64.7  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  24.89 
 
 		 691 aa  60.8  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  24.69 
 
 		 689 aa  59.3  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  24.89 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  24.89 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  24.69 
 
 		 689 aa  58.9  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  24.46 
 
 		 689 aa  57  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  23.87 
 
 		 689 aa  57.4  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1050  hypothetical protein  25.94 
 
 		 702 aa  56.6  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  24.26 
 
 		 691 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  34.59 
 
 		 1127 aa  55.8  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  23.61 
 
 		 691 aa  55.5  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  25.77 
 
 		 712 aa  55.5  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.46 
 
 		 747 aa  53.9  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  24.91 
 
 		 1107 aa  53.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1829  ATP-dependent DNA helicase  23.77 
 
 		 706 aa  52.8  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.45 
 
 		 629 aa  51.6  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5645  putative helicase  28.4 
 
 		 724 aa  50.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.577217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  27.13 
 
 		 629 aa  50.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  32.14 
 
 		 1033 aa  50.4  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  27.42 
 
 		 785 aa  50.8  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  24.1 
 
 		 815 aa  50.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  0.0000861607 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5355  putative helicase  28.4 
 
 		 724 aa  50.1  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5266  putative helicase  28.4 
 
 		 724 aa  50.1  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  26.36 
 
 		 1048 aa  50.1  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  26.98 
 
 		 673 aa  48.9  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  26.49 
 
 		 716 aa  48.9  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 		 646 aa  48.5  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  24.47 
 
 		 689 aa  48.1  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.1 
 
 		 767 aa  48.1  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25 
 
 		 659 aa  48.1  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  26.23 
 
 		 771 aa  48.1  0.0008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  25.21 
 
 		 778 aa  48.1  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1546  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 		 564 aa  47.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.924385  hitchhiker  0.000024327 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1135  hypothetical protein  26.81 
 
 		 269 aa  47  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0285416  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4189  hypothetical protein  26.25 
 
 		 902 aa  46.2  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.060673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1882  superfamily I DNA/RNA helicase  24.02 
 
 		 787 aa  45.4  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2914  hypothetical protein  27 
 
 		 658 aa  45.8  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  25.21 
 
 		 593 aa  45.8  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3796  putative helicase  30.08 
 
 		 735 aa  45.4  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1206  helicase, UvrD/Rep family  25.32 
 
 		 777 aa  45.4  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  23.05 
 
 		 607 aa  45.1  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2547  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.71 
 
 		 861 aa  45.1  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0101417  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  26.86 
 
 		 765 aa  45.1  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.12 
 
 		 1089 aa  45.1  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0956  UvrD/REP helicase  25.1 
 
 		 778 aa  44.7  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1075  helicase, UvrD/Rep family  25.75 
 
 		 777 aa  44.7  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>