17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_1077 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_1077  NAD-dependent DNA ligase  100 
 
 		 301 aa  610  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3053  BRCT domain protein  39.26 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0472268 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2589  NAD-dependent DNA ligase  38.59 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2687  NAD-dependent DNA ligase  37.92 
 
 		 298 aa  192  8e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835433 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0663  NAD-dependent DNA ligase  37.29 
 
 		 312 aa  189  4e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000015383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3865  hypothetical protein  33.16 
 
 		 201 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.62314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4113  hypothetical protein  32.11 
 
 		 233 aa  97.8  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  decreased coverage  0.00587684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2393  NAD-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 216 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0130948  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0862  hypothetical protein  25 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.253306  normal  0.918011 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1827  NAD-dependent DNA ligase  27.42 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3203  superfamily I DNA/RNA helicase  26.32 
 
 		 2123 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2695  DNA ligase (NAD(+))  32.22 
 
 		 652 aa  50.8  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.278401  normal  0.204857 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1526  DNA ligase, NAD-dependent  43.14 
 
 		 797 aa  47  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0626416  normal  0.309916 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  20.57 
 
 		 367 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3097  DNA ligase, NAD-dependent  30 
 
 		 792 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1230  DNA ligase, NAD-dependent, putative  29.17 
 
 		 609 aa  43.1  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2876  NAD-dependent DNA ligase LigA  33.71 
 
 		 719 aa  42.4  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0956415  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>