34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3359 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3359  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 196 aa  385  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.437866 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2754  tripartite ATP-independent periplasmic transporter  60.71 
 
 		 196 aa  205  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.03848 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0520  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.09 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0094685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  43.21 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.85 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40 
 
 		 175 aa  53.1  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0386  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.21 
 
 		 168 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0343  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.21 
 
 		 168 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.51 
 
 		 170 aa  48.9  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3446  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.53 
 
 		 171 aa  48.5  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.82702  normal  0.0799989 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  46.3 
 
 		 151 aa  48.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40 
 
 		 164 aa  47.8  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3078  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.79 
 
 		 632 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  34.78 
 
 		 164 aa  46.6  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1524  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  36.07 
 
 		 186 aa  45.4  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0215474  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2497  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.11 
 
 		 168 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1686  TRAP transporter DctQ-like membrane protein  30.11 
 
 		 168 aa  45.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00716632  normal  0.0339689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2410  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 181 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.932493  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1743  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  37.88 
 
 		 164 aa  45.4  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2400  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  30.11 
 
 		 168 aa  45.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000887899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4092  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.83 
 
 		 166 aa  45.8  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499769  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.37 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.88 
 
 		 164 aa  45.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0344722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.08 
 
 		 161 aa  45.1  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.87 
 
 		 181 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.37 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  42.11 
 
 		 625 aa  43.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3302  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.02 
 
 		 175 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0122  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.79 
 
 		 623 aa  42.4  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3955  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.05 
 
 		 178 aa  42.4  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.948597  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.44 
 
 		 627 aa  41.6  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0449  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.77 
 
 		 164 aa  41.6  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.05 
 
 		 193 aa  41.2  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.61649 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.88 
 
 		 156 aa  41.2  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>