295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3558 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_3558  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
134 aa  281  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0373  hypothetical protein  61.54 
 
 
134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.752552  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  62.02 
 
 
133 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0854  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.72 
 
 
135 aa  167  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  61.24 
 
 
133 aa  165  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  49.25 
 
 
142 aa  143  9e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1286  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.54 
 
 
136 aa  135  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.792681  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1573  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.08 
 
 
138 aa  126  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.112624  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  35.34 
 
 
137 aa  90.5  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.03 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.97 
 
 
138 aa  82  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.23 
 
 
137 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.15 
 
 
153 aa  80.1  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.81 
 
 
137 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.92 
 
 
165 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
137 aa  77.8  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.77 
 
 
153 aa  77  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.77 
 
 
131 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  34.13 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.62 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  31.62 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.01 
 
 
133 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.56 
 
 
154 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.25 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  29.01 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.27 
 
 
137 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267657  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  32.56 
 
 
154 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  31.97 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  29.75 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.01 
 
 
131 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 
130 aa  71.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.01 
 
 
154 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.01 
 
 
154 aa  70.1  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  29.69 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  31.01 
 
 
131 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  29.13 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.69 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0067  hypothetical protein  32.03 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.610268  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.24 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.66 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4010  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.75 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  28.35 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.79 
 
 
153 aa  67.4  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4252  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
150 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7106  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.97 
 
 
125 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.221304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0150  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
135 aa  67  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0696937 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  28 
 
 
132 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.17 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.77 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.9 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.77 
 
 
128 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  29.75 
 
 
141 aa  66.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.4 
 
 
137 aa  66.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.77 
 
 
163 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.93 
 
 
150 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  34.17 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.01 
 
 
132 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
162 aa  65.5  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.41 
 
 
134 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.48 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  29.23 
 
 
164 aa  64.7  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6382  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32 
 
 
150 aa  64.3  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.52 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.2 
 
 
136 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.3 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  26.52 
 
 
135 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.32 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1374  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.65 
 
 
149 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.68 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4052  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.2 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1277  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.2 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0151455  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
134 aa  63.5  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
133 aa  62.8  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1514  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.69 
 
 
149 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
154 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08497  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_3G01340)  28.57 
 
 
150 aa  62.4  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.543229  normal  0.696938 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  27.27 
 
 
137 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3921  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.93 
 
 
175 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  29.66 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4408  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2817  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.36 
 
 
130 aa  61.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05260  conserved hypothetical protein  29.37 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.641926  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.46 
 
 
162 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.4 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  28.68 
 
 
131 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.71 
 
 
175 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0706653  normal  0.116642 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.03 
 
 
163 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>