20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1872 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1872  hypothetical protein  100 
 
 		 374 aa  737    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.573397 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1639  hypothetical protein  96.79 
 
 		 374 aa  719    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.640839  normal  0.175401 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0787  tail fiber protein  31.69 
 
 		 349 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08310  hypothetical protein  29.46 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314349  hitchhiker  0.0000557295 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3330  hypothetical protein  38.3 
 
 		 494 aa  72.8  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0254985 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3370  hypothetical protein  38.3 
 
 		 494 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1633  hypothetical protein  38.3 
 
 		 494 aa  70.5  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.235606  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2057  hypothetical protein  38.3 
 
 		 494 aa  70.1  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3764  hypothetical protein  37.59 
 
 		 494 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.34695  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3629  hypothetical protein  38.3 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2667  metallophosphoesterase  37.11 
 
 		 1154 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.774137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2770  tail fiber domain-containing protein  26.28 
 
 		 367 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00369502  normal  0.0266249 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1178  side tail fiber protein  45.16 
 
 		 510 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205878  normal  0.102671 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4090  hypothetical protein  37.14 
 
 		 433 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.150292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3533  hypothetical protein  37.5 
 
 		 878 aa  44.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0263715  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10057  Tail fiber  40 
 
 		 87 aa  45.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42641  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3921  hypothetical protein  37.14 
 
 		 433 aa  45.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3936  tail fiber domain protein  31.36 
 
 		 332 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1449  hypothetical protein  29.93 
 
 		 298 aa  43.9  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0819  hypothetical protein  40.62 
 
 		 264 aa  43.1  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>