268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0715 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0715  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  100 
 
 
159 aa  331  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  76.92 
 
 
158 aa  261  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  75.64 
 
 
158 aa  258  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1482  hypothetical protein  56.08 
 
 
155 aa  183  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0982855  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0968  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.61 
 
 
163 aa  178  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.4173  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2610  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.01 
 
 
162 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22484  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0714  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  46.15 
 
 
160 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  45.81 
 
 
162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1036  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.65 
 
 
158 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0507357  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1183  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  48 
 
 
158 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.726417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4864  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  49.33 
 
 
147 aa  146  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.33 
 
 
164 aa  145  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2237  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.52 
 
 
154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2637  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.52 
 
 
154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.302583  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.76 
 
 
162 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  44.22 
 
 
154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.85 
 
 
162 aa  124  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.22 
 
 
162 aa  122  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.99 
 
 
166 aa  120  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.6 
 
 
154 aa  118  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1480  hypothetical protein  37.58 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.412839  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  41.33 
 
 
154 aa  114  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.78 
 
 
154 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.84 
 
 
154 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  40.16 
 
 
135 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  101  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  40.16 
 
 
135 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40 
 
 
136 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.77 
 
 
161 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.68 
 
 
136 aa  98.2  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  37.8 
 
 
135 aa  96.3  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  41.74 
 
 
133 aa  95.1  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  38.6 
 
 
136 aa  92  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.14 
 
 
136 aa  92  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.14 
 
 
136 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.05 
 
 
136 aa  87.8  5e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.46 
 
 
149 aa  87  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.67 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.67 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.96 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0784  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.29 
 
 
136 aa  84.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0815  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.29 
 
 
136 aa  84.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.29 
 
 
136 aa  84.7  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0332  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.29 
 
 
213 aa  84.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.989164  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01113  hypothetical protein  40.59 
 
 
109 aa  83.6  9e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.48 
 
 
136 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  33.57 
 
 
147 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.14 
 
 
135 aa  81.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.93 
 
 
147 aa  80.5  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.16 
 
 
152 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0030  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.11 
 
 
133 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378297  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.68 
 
 
136 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.2 
 
 
132 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.91 
 
 
139 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.86 
 
 
147 aa  77  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.82 
 
 
144 aa  76.6  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4350  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.4 
 
 
133 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.300431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.77 
 
 
137 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0258  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
132 aa  74.7  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0148  hypothetical protein  27.48 
 
 
134 aa  74.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0627539 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.25 
 
 
135 aa  73.9  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4618  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.92 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.343456 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0877  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.85 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6263  hypothetical protein  27.34 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.617711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.13 
 
 
162 aa  72  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
134 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0166  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.77 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.996631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0164  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.64 
 
 
133 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  33.61 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.3 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  37.07 
 
 
129 aa  70.9  0.000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0199  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.59 
 
 
133 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.45 
 
 
131 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.26 
 
 
133 aa  69.3  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5079  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.12 
 
 
133 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00555698 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72130  hypothetical protein  27.34 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0102273  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.8 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  36.94 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0424  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.43 
 
 
139 aa  68.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155822  normal  0.516828 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.84 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.84 
 
 
134 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.94 
 
 
130 aa  68.2  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
158 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  35.51 
 
 
126 aa  67.8  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.35 
 
 
133 aa  67.4  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0063  hypothetical protein  24.39 
 
 
132 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0006  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.78 
 
 
122 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  32.23 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
132 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.84 
 
 
131 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  34.19 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.19 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  29.06 
 
 
133 aa  63.2  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>