More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0059 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0002  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0002  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0002  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0029  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603612  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0001  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0019  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.904201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0056  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138576  hitchhiker  0.000360395 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_R0062  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_R0063  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.148194  normal  0.284385 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_R0061  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0003  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0055  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0054  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.871356 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0055  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0057  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.88568 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0053  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0052  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.902877 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0056  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.880459 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0051  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.920711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0081  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.681899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0054  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.965262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0068  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.347514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0076  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00786304  normal  0.218816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0007  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0188037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6011  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.991195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t20  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t21  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.929241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t22  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00106  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00110  tRNA-Met  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0390  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2621  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3081  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2677  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1813  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0052  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.491192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1732  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1829  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0031  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0043  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0046  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0060  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0046  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1598  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000050926  normal  0.567134 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0033  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0177  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.202779  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0044  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0068  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0060  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.80591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0056  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401301  normal  0.029437 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.299355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>