75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0575 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0575  Acyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 		 322 aa  648    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4098  acyl-CoA dehydrogenase  81.06 
 
 		 373 aa  524  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.461592  normal  0.148654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3593  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  44.55 
 
 		 385 aa  263  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0138  cyclic nucleotide-binding protein  41.98 
 
 		 382 aa  248  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363055  normal  0.0562136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4157  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  44.65 
 
 		 391 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0737881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3329  acyl-CoA dehydrogenase type 2  43.04 
 
 		 382 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3848  acyl-CoA dehydrogenase type 2  44.34 
 
 		 391 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.680066 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0796  Acyl-CoA dehydrogenase-like protein  41.95 
 
 		 381 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.585612  normal  0.628725 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4305  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  41.69 
 
 		 412 aa  222  7e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0499711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2922  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  35.58 
 
 		 391 aa  187  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3259  acyl-CoA dehydrogenase-related protein  30.1 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.543921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2636  acyl-CoA dehydrogenase  29.64 
 
 		 347 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292935  normal  0.528602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2652  acyl-CoA dehydrogenase  30 
 
 		 347 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530272  normal  0.685897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2502  hypothetical protein  29.41 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5416  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  30.62 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2543  hypothetical protein  28.42 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1346  hypothetical protein  27.61 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0806475  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2027  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  28.47 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2240  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  27.05 
 
 		 392 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5871  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  27.53 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.845489  normal  0.406047 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3131  hypothetical protein  25.28 
 
 		 337 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470644  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1801  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  25.54 
 
 		 362 aa  67  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.162926 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2567  putative acyl-CoA dehydrogenase-related protein  29.56 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.752192  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2998  hypothetical protein  26.3 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  28.49 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01704  acyl-CoA dehydrogenase family member 8  28.37 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.791292  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0335  hypothetical protein  26.12 
 
 		 341 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0202  hypothetical protein  26.81 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499323  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5185  acyl-CoA dehydrogenase family protein  26.37 
 
 		 401 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  25.82 
 
 		 401 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0658  acyl-CoA dehydrogenase  24.31 
 
 		 388 aa  48.9  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0554  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.79 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0220  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  27.06 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.581384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  24.38 
 
 		 402 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  23.71 
 
 		 440 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5156  acyl-CoA dehydrogenase  23.92 
 
 		 420 aa  47.4  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0718281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4988  acyl-CoA dehydrogenase type 2  27.22 
 
 		 413 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0877  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.2 
 
 		 429 aa  47.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.485998  normal  0.261313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  22.41 
 
 		 440 aa  47  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4241  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.37 
 
 		 382 aa  47  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1903  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  27.74 
 
 		 417 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4334  acyl-CoA dehydrogenase type 2  24.93 
 
 		 409 aa  47  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1370  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  24.18 
 
 		 413 aa  47  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.478253  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1103  acyl-CoA dehydrogenase-like  27.66 
 
 		 381 aa  46.6  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4937  acyl-CoA dehydrogenase-related protein  28.7 
 
 		 334 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2132  butyryl-CoA dehydrogenase  24.76 
 
 		 388 aa  46.2  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.627987  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1941  butyryl-CoA dehydrogenase  23.75 
 
 		 385 aa  46.2  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1750  acyl-CoA dehydrogenase  26.6 
 
 		 381 aa  46.2  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.317107 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1495  hypothetical protein  25.91 
 
 		 403 aa  46.2  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0879599  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1147  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  26.92 
 
 		 400 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6061  acyl-CoA dehydrogenase  22.84 
 
 		 326 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2255  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.61 
 
 		 400 aa  45.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1128  acyl-CoA dehydrogenase type 2  30.87 
 
 		 404 aa  45.4  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0889  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  26.59 
 
 		 398 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0906  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.59 
 
 		 398 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0092  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  26.92 
 
 		 404 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.362932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1521  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  26.92 
 
 		 404 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.954011  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0930  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.61 
 
 		 404 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0316102  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.95 
 
 		 413 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1015  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  27.61 
 
 		 404 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0895  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.69 
 
 		 398 aa  45.1  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0424541 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  25.7 
 
 		 397 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  24.85 
 
 		 412 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  25 
 
 		 424 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2008  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.71 
 
 		 425 aa  44.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.200025  hitchhiker  0.00322208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.95 
 
 		 413 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0021  dehydrogenase  36.07 
 
 		 313 aa  44.3  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0755375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2602  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  24 
 
 		 388 aa  44.3  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000586554  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  25.95 
 
 		 413 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2054  acyl-CoA dehydrogenase type 2  26.14 
 
 		 415 aa  43.5  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.876427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2551  putative acyl-CoA dehydrogenase  27.22 
 
 		 416 aa  43.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.285917  normal  0.436959 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0156  Acyl-CoA dehydrogenase  25.43 
 
 		 379 aa  43.1  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2571  putative acyl-CoA dehydrogenase  27.45 
 
 		 420 aa  43.1  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.517153  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4228  acyl-CoA dehydrogenase type 2  25.44 
 
 		 412 aa  42.7  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2915  hypothetical protein  25.14 
 
 		 405 aa  42.4  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.281087  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>