More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3374 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3498  cysteinyl-tRNA synthetase  70.8 
 
 		 472 aa  711    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3374  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 493 aa  1019    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.301866  normal  0.0269367 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2086  cysteinyl-tRNA synthetase  71.52 
 
 		 488 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.634388  normal  0.286756 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  79.11 
 
 		 463 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.680985  normal  0.870381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2208  cysteinyl-tRNA synthetase  71.46 
 
 		 491 aa  734    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1488  cysteinyl-tRNA synthetase  60.64 
 
 		 482 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1228  cysteinyl-tRNA synthetase  58.4 
 
 		 477 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0677  cysteinyl-tRNA synthetase  58.61 
 
 		 506 aa  555  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0670  cysteinyl-tRNA synthetase  58.41 
 
 		 506 aa  553  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.438078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2611  cysteinyl-tRNA synthetase  57.25 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.536822  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4717  cysteinyl-tRNA synthetase  58.52 
 
 		 462 aa  547  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1184  cysteinyl-tRNA synthetase  54.97 
 
 		 463 aa  520  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.257527  normal  0.696826 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1638  cysteinyl-tRNA synthetase  56.2 
 
 		 460 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2661  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0459  cysteinyl-tRNA synthetase  55.6 
 
 		 460 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0171748 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0713  cysteinyl-tRNA synthetase  55.65 
 
 		 466 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5571  cysteinyl-tRNA synthetase  56.55 
 
 		 465 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5212  cysteinyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 		 462 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.253411 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5285  cysteinyl-tRNA synthetase  56.09 
 
 		 462 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.693404  normal  0.561816 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0135  cysteinyl-tRNA synthetase  54.67 
 
 		 449 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  49.55 
 
 		 588 aa  504  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0481  cysteinyl-tRNA synthetase  50.67 
 
 		 500 aa  504  1e-141  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4745  cysteinyl-tRNA synthetase  55.29 
 
 		 462 aa  503  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1915  cysteinyl-tRNA synthetase  53.78 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1038  cysteinyl-tRNA synthetase  62.93 
 
 		 463 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.238727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0965  cysteinyl-tRNA synthetase  51.08 
 
 		 506 aa  484  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910557  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1698  cysteinyl-tRNA synthetase  49.69 
 
 		 458 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0508946  normal  0.0729596 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2071  cysteinyl-tRNA synthetase  51.24 
 
 		 486 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.377072 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1380  cysteinyl-tRNA synthetase  51.65 
 
 		 486 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.194262  normal  0.461821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2722  cysteinyl-tRNA synthetase  47.58 
 
 		 499 aa  422  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0689  cysteinyl-tRNA synthetase  48.51 
 
 		 459 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0435653  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1153  cysteinyl-tRNA synthetase  48.64 
 
 		 457 aa  414  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.102155  normal  0.0430142 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0419  cysteinyl-tRNA synthetase  47.15 
 
 		 453 aa  408  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0310723 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4529  cysteinyl-tRNA synthetase  46.77 
 
 		 462 aa  405  1e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0386515 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1404  cysteinyl-tRNA synthetase  48.08 
 
 		 449 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2398  cysteinyl-tRNA synthetase  44.33 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4063  cysteinyl-tRNA synthetase  49.27 
 
 		 462 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal  0.419537 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1100  cysteinyl-tRNA synthetase  43.86 
 
 		 472 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0132034 
 
 
-
 
NC_002978  WD0149  cysteinyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 		 457 aa  388  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2665  cysteinyl-tRNA synthetase  47.39 
 
 		 468 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  43.75 
 
 		 481 aa  385  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1958  cysteinyl-tRNA synthetase  45.62 
 
 		 453 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46476  normal  0.773483 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0308  cysteinyl-tRNA synthetase  41.77 
 
 		 459 aa  378  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0768  cysteinyl-tRNA synthetase  41.97 
 
 		 459 aa  378  1e-103  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.202696  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0676  cysteinyl-tRNA synthetase  44.44 
 
 		 474 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.02633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 		 485 aa  374  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  44.05 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  43.84 
 
 		 461 aa  368  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 463 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1903  cysteinyl-tRNA synthetase  42.63 
 
 		 459 aa  364  2e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  43.87 
 
 		 465 aa  363  4e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0281  cysteinyl-tRNA synthetase  43.74 
 
 		 467 aa  360  4e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0919  cysteinyl-tRNA synthetase  43.45 
 
 		 456 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  41.21 
 
 		 493 aa  357  2.9999999999999997e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  41.4 
 
 		 493 aa  356  5e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  43.54 
 
 		 459 aa  355  8.999999999999999e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0311  cysteinyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 		 467 aa  354  2e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  42.77 
 
 		 461 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00355  cysteinyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 474 aa  352  7e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.229746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 		 494 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  43.03 
 
 		 473 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.969575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  42.91 
 
 		 485 aa  350  3e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  41.49 
 
 		 479 aa  349  5e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 		 456 aa  349  7e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  41.3 
 
 		 459 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_37953  predicted protein  41.09 
 
 		 497 aa  348  1e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  41.3 
 
 		 459 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  42.94 
 
 		 487 aa  348  1e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2865  cysteinyl-tRNA synthetase  41.47 
 
 		 462 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  41.3 
 
 		 459 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 		 461 aa  347  2e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  42.17 
 
 		 460 aa  347  3e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  41.09 
 
 		 459 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 		 461 aa  346  5e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  41.5 
 
 		 461 aa  346  6e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1390  cysteinyl-tRNA synthetase  42.51 
 
 		 465 aa  345  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128529  normal  0.023176 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2184  cysteinyl-tRNA synthetase  40.88 
 
 		 461 aa  345  8e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.261095 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  41.09 
 
 		 459 aa  345  8e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  41.99 
 
 		 505 aa  345  8.999999999999999e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  40.9 
 
 		 480 aa  345  1e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0242  cysteinyl-tRNA synthetase  41.22 
 
 		 459 aa  343  2.9999999999999997e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  41.3 
 
 		 461 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 460 aa  343  5e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  41.04 
 
 		 485 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  40.73 
 
 		 460 aa  343  5.999999999999999e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  40.43 
 
 		 480 aa  342  7e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1941  cysteinyl-tRNA synthetase  43.33 
 
 		 465 aa  342  7e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  40.31 
 
 		 488 aa  342  8e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 485 aa  342  1e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3653  cysteinyl-tRNA synthetase  39.44 
 
 		 465 aa  341  1e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  42.03 
 
 		 485 aa  341  2e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  40.73 
 
 		 459 aa  340  2e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 460 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0858  cysteinyl-tRNA synthetase  41.75 
 
 		 473 aa  340  4e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1439  cysteinyl-tRNA synthetase  40.28 
 
 		 459 aa  340  4e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326973  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  39.76 
 
 		 459 aa  340  4e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  39.6 
 
 		 468 aa  340  4e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23530  cysteinyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 		 461 aa  339  5.9999999999999996e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  42.71 
 
 		 455 aa  339  7e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  40.36 
 
 		 462 aa  338  9e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  40.16 
 
 		 459 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>