28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1438 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1438  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 374 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5248  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.38 
 
 		 353 aa  224  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284119  normal  0.61528 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3785  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.53 
 
 		 333 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3683  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.08 
 
 		 346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1043  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.96 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000546658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5372  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.11 
 
 		 352 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18295 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1330  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  28.11 
 
 		 341 aa  97.8  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000015519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1653  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.14 
 
 		 341 aa  92.8  8e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3781  hypothetical protein  26.99 
 
 		 381 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05956  hypothetical protein  24.52 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0801  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.37 
 
 		 355 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.940089  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000220  hypothetical protein  25.07 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1331  hypothetical protein  22.05 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0690  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.35 
 
 		 357 aa  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0327295  normal  0.622853 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1308  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  25.52 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.3 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.823594  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0973  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.38 
 
 		 377 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1020  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.21 
 
 		 358 aa  57  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3245  endonuclease/exonuclease/phosphatase  22.46 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0760  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.27 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0969  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.18 
 
 		 377 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2966  hypothetical protein  27 
 
 		 394 aa  52.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1007  endonuclease/exonuclease/phosphatase  23.4 
 
 		 377 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1148  hypothetical protein  22.25 
 
 		 377 aa  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3704  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.69 
 
 		 322 aa  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.1 
 
 		 402 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2933  endonuclease/exonuclease/phosphatase  20.6 
 
 		 396 aa  43.9  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  21.85 
 
 		 403 aa  42.7  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>