24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_R0096 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_R0096    100 
 
 		 389 bp  771    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.0134001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0098    93.73 
 
 		 398 bp  589  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0003    92.15 
 
 		 391 bp  511  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000332407 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA65    90.38 
 
 		 392 bp  466  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.852572  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5663  tmRNA  91.53 
 
 		 387 bp  309  3e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R17    89.27 
 
 		 390 bp  264  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138375  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55180  10Sa RNA SsrA (tmRNA)  83.5 
 
 		 352 bp  139  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0016    90 
 
 		 354 bp  115  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4696  tRNA-OTHER  93.75 
 
 		 73 bp  95.6  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0048    90.32 
 
 		 389 bp  75.8  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0024    88.71 
 
 		 362 bp  67.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0081    87.1 
 
 		 380 bp  60  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.124848  normal  0.269068 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0025    87.1 
 
 		 362 bp  60  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4223    87.1 
 
 		 364 bp  60  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140145  normal  0.0140433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4254  10Sa RNA (tmRNA)  87.1 
 
 		 364 bp  60  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000812239  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    96.77 
 
 		 359 bp  54  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    96.77 
 
 		 384 bp  54  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0069    96.67 
 
 		 360 bp  52  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.217492 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3178s    96.67 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0009    96.67 
 
 		 366 bp  52  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101649  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0033    90 
 
 		 360 bp  48.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.631712  hitchhiker  0.000000433603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0026    93.55 
 
 		 361 bp  46.1  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.918941 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>