34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1183 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1183  Phage-related protein endonuclease-like protein  100 
 
 		 334 aa  686    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2495  hypothetical protein  87.72 
 
 		 334 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4743  phage-related protein endonuclease-like protein  82.04 
 
 		 334 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.231327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1657  hypothetical protein  71.3 
 
 		 342 aa  489  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2448  hypothetical protein  61.54 
 
 		 342 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0204  GP47  63.66 
 
 		 331 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2726  hypothetical protein  60.75 
 
 		 331 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.302744  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0110  hypothetical protein  60.66 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3684  hypothetical protein  60.13 
 
 		 300 aa  378  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2356  hypothetical protein  52.91 
 
 		 368 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0622812  normal  0.0723481 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0866  hypothetical protein  50.45 
 
 		 374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.896574  normal  0.759302 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1620  hypothetical protein  51.07 
 
 		 374 aa  323  2e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.026153 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1473  Phage-related protein endonuclease-like protein  39.87 
 
 		 306 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2263  hypothetical protein  37.77 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00963472  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2619  YqaJ  39.38 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000010002  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0602  phage-type endonuclease  47.39 
 
 		 247 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0602  phage-type endonuclease  37.27 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0938  hypothetical protein  38.85 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3739  putative phage-related protein  33.44 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00326083  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0373  Phage-related protein endonuclease-like protein  60.78 
 
 		 136 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.743719 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0982  hypothetical protein  32.23 
 
 		 338 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000285055  hitchhiker  0.0000282178 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1345  Phage-related protein endonuclease-like protein  36.11 
 
 		 338 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000265319  decreased coverage  0.000101887 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3414  Phage-related protein endonuclease-like protein  32.13 
 
 		 303 aa  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0329559 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2700  Phage-related protein endonuclease-like  30.08 
 
 		 303 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1286  hypothetical protein  32.45 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0110  putative phage-type endonuclease  28.85 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.300181 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3585  hypothetical protein  29.07 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2639  phage-related protein endonuclease-like protein  29.11 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6976  phage-related protein endonuclease-like protein  29.51 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6282  phage-related protein endonuclease-like protein  30.1 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.43147  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4009  hypothetical protein  27.36 
 
 		 284 aa  52.8  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.134143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3048  phage-related protein predicted endonuclease-like protein  23.69 
 
 		 312 aa  52.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.0334909 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0099  hypothetical protein  30.11 
 
 		 358 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344559  hitchhiker  0.000179281 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4068  Phage-related protein endonuclease-like  23.94 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>