58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0014 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0050  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0025  tRNA-Gln  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0713301  normal  0.06286 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0023  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.834427 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0033  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.305698  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0017  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0017  tRNA-Gln  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0807433  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0010  tRNA-Gln  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0012  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0269689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0049  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.192349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0045  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000000500622  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0054  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.875791  normal  0.75563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0059  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.431552 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0022  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0024  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0524275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0023    91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.875544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0032  tRNA-Gln  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0057  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2742  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000362566  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0004  tRNA-Gln  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0919548 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0045  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515378  hitchhiker  0.000000000930227 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.268134  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0032  tRNA-Gln  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0050  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000114197  normal  0.509569 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0044  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0948234  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0032  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000333525  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0029  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000397179  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0028  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000428392  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0066  tRNA-Gln  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.401467  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0040  tRNA-Gln  83.1 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233905  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0052  tRNA-Gln  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0031  tRNA-Gln  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.183795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0036  tRNA-Gln  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0103538  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0006  tRNA-Gln  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0040  tRNA-Gln  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0042  tRNA-Gln  83.87 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0006  tRNA-Gln  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.944666 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0039  tRNA-Gln  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>