299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna30 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna30  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.319262  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0055  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.108709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  97.14 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  119  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  95.71 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t60  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA76  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R9  tRNA-Phe  98.28 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0045  tRNA-Phe  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.38558  normal  0.327306 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0017  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0017  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0062  tRNA-Phe  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.205549  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0038  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPhe01  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0059  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0010  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02241  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000057797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0354  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.570155  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0053  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000574289  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0060  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0136  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.740325  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0010  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00225756  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0070  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00525701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0018  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.290325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0016  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000022275  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0049  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000790035  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0006  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0075  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154844  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0062  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0003  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0007  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000412685  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0072  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0389238  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0075  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.106452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0021  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.824976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0056  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.744402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2797  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0075  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283393  normal  0.209265 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2283  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00760405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0001  tRNA-Phe  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0826979  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0058  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0159  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.369913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0169  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601595  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2361  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.979776  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0028  tRNA-Phe  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748301  normal  0.0311431 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  93.33 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>