29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2093 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2381  putative virulence effector protein  83.55 
 
 		 461 aa  717    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2093  putative virulence effector protein  100 
 
 		 465 aa  929    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0566929  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1882  putative virulence effector protein  55 
 
 		 452 aa  478  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0203786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2102  putative virulence effector protein  54.89 
 
 		 442 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1844  hypothetical protein  49.41 
 
 		 492 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1954  hypothetical protein  49.15 
 
 		 517 aa  425  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.960644  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1435  putative virulence effector protein  49.57 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1567  ssrAB activated gene  42.77 
 
 		 439 aa  344  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1773  ssrAB activated gene  43.24 
 
 		 439 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.420884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1711  ssrAB activated gene  44.51 
 
 		 441 aa  335  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1708  ssrAB activated gene  44.31 
 
 		 441 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.483925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1748  ssrAB activated gene  43.74 
 
 		 442 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.135386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2633  hypothetical protein  35.84 
 
 		 451 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2108  ssrAB activated gene  60.13 
 
 		 460 aa  209  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2870  hypothetical protein  34.07 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0471  hypothetical protein  57.5 
 
 		 454 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4240  hypothetical protein  57.69 
 
 		 465 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0163273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52100  hypothetical protein  52.47 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1846  hypothetical protein  46.5 
 
 		 524 aa  143  8e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.378193  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3155  hypothetical protein  32.87 
 
 		 513 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0450583  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1539  hypothetical protein  32.26 
 
 		 597 aa  57  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0896  hypothetical protein  30.72 
 
 		 421 aa  54.7  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.08458  normal  0.380175 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1312  hypothetical protein  29.92 
 
 		 436 aa  53.5  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00429215  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  34.75 
 
 		 2449 aa  53.5  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6478  hypothetical protein  28.89 
 
 		 469 aa  48.9  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51980  hypothetical protein  25.58 
 
 		 581 aa  47  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1966  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.15 
 
 		 578 aa  45.1  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6479  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.4 
 
 		 739 aa  43.5  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4241  von Willebrand factor, type A  31.71 
 
 		 401 aa  43.1  0.01  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.33156  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>