59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3816 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3816    100 
 
 		 609 bp  1207    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4138  integrase catalytic subunit  84.88 
 
 		 981 bp  266  6.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1541  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 1488 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2433  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0656957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2407  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49226  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2865  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2879  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.676741  normal  0.87637 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2941  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3099  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 1440 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3106  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.969035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1143  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.765117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3080    83.14 
 
 		 870 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0870  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 1062 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.465972 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3084    83.14 
 
 		 870 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3826  integrase catalytic subunit  83.14 
 
 		 981 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0254  helix-turn-helix, Fis-type  83.14 
 
 		 2358 bp  218  9.999999999999999e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1190    98.82 
 
 		 540 bp  161  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3112  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0640  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.337003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3086  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2866  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2819  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2665  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.224592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1018  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.759642 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2329  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137968  normal  0.366873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2135  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2099  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2082  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0872  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1964  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1945  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1932  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.827485 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0865  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0660  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1299  helix-turn-helix, Fis-type  79.36 
 
 		 981 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0782  integrase, catalytic region  79.36 
 
 		 714 bp  115  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2358  helix-turn-helix, Fis-type  90.11 
 
 		 981 bp  109  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0867438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1492  helix-turn-helix, Fis-type  90.11 
 
 		 981 bp  109  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.246201  normal  0.113657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2047  helix-turn-helix, Fis-type  90.11 
 
 		 981 bp  109  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2674  helix-turn-helix, Fis-type  90.11 
 
 		 981 bp  109  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4207    89.66 
 
 		 222 bp  101  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.57112  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5451  Integrase catalytic region  88.04 
 
 		 981 bp  95.6  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5505  Integrase catalytic region  88.04 
 
 		 981 bp  95.6  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2451  integrase catalytic subunit  87.36 
 
 		 981 bp  85.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.908146 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5077  integrase catalytic subunit  86.21 
 
 		 801 bp  77.8  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4906  integrase catalytic subunit  86.21 
 
 		 618 bp  77.8  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.350856 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6453  Integrase catalytic region  84.85 
 
 		 981 bp  77.8  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4350    100 
 
 		 265 bp  75.8  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1691    91.8 
 
 		 1225 bp  73.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0391354  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3015  transposase, mutator type  91.8 
 
 		 1224 bp  73.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2796  transposase, mutator type  91.8 
 
 		 1101 bp  73.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.520079  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1379  transposase, mutator type  91.8 
 
 		 1101 bp  73.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0110  transposase, mutator type  91.8 
 
 		 1224 bp  73.8  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335509  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3888    92.31 
 
 		 565 bp  71.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599643  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8057    86.21 
 
 		 830 bp  69.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.133932  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9018    86.21 
 
 		 531 bp  69.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9080    86.21 
 
 		 1404 bp  69.9  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0817  transposase  89.83 
 
 		 711 bp  61.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5112  transposase, mutator type  87.72 
 
 		 1224 bp  50.1  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.540626  normal  0.120028 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>