80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_R0003 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_R0003  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.237532  decreased coverage  0.00216648 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0006  tRNA-Lys  95.95 
 
 		 73 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.657392  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0049  tRNA-Lys  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.276362 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0022  tRNA-Lys  96.08 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.622562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0014  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.289173  normal  0.197708 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0024  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0048  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.048263  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0047  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.271132  normal  0.595667 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  96.77 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0040  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00746142 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0006  tRNA-Lys  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0031  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0067  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1827  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0040  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000158111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0041  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000136051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0012  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00139972  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0058  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0204591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0039  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.340367  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0040  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471786  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0030  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0015  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000090416  normal  0.096467 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0058  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161243  normal  0.35432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0059  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000863176  normal  0.357197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0041  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0032  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000399959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2777  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132175  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0039  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.480095  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0044  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.975167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0049  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2505  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000358439  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0029  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0902412  normal  0.0228096 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0040  tRNA-Asn  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.345644  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0003  tRNA-Asn  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>