63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0061 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  119  9e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  96.83 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02560  tRNA-Arg  97.73 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.574761  hitchhiker  0.000017399 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0060  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1373  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000017681 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0019  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0020  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.213818  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0048  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0506396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0049  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.428212 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18410  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0950297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0047  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0034  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00361303  normal  0.0286488 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0069  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0014  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0049  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.198977  normal  0.0146611 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t05  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.443349 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09780  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0646814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000306813 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.473325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.586961  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.179946  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>