More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0009 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0023  tRNA-Lys  95.59 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    92.98 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  92.98 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  88.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0018  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.29875 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0295  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  89.66 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0055  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.756499 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0003  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.173284  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0049  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.319616  normal  0.525393 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0047  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0672814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAsnVIMSS1309105  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.512806  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAsnVIMSS1309137  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.898434  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0020  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAsnVIMSS1309178  tRNA-Asn  87.69 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0046  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0005  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0020  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0942184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0051  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000190999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4590  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0847408  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2736  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000214586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0018  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000646357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1400  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00524928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA48  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.719736  normal  0.23848 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0049  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000590411  decreased coverage  0.00000280751 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0558  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0653  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2173  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.206805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2783  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.45376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0067  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000904848  normal  0.171031 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4531  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5178  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.847952  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00251  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00376  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>